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Yorodumi- PDB-5ov9: Crystal structure of Acetylcholinesterase in complex with Crystal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ov9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Acetylcholinesterase in complex with Crystal Violet | |||||||||
Components | Acetylcholinesterase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Dimeric / complex / inhibitor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / collagen binding / synapse assembly / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Allgardsson, A. / Andersson, C.D. / Akfur, C. / Worek, F. / Linusson, A. / Ekstrom, F. | |||||||||
Funding support | Sweden, 2items
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Citation | Journal: Molecules / Year: 2017 Title: An Unusual Dimeric Inhibitor of Acetylcholinesterase: Cooperative Binding of Crystal Violet. Authors: Allgardsson, A. / David Andersson, C. / Akfur, C. / Worek, F. / Linusson, A. / Ekstrom, F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ov9.cif.gz | 447.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ov9.ent.gz | 365.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ov9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ov9_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ov9_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 5ov9_validation.xml.gz | 45.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5ov9_validation.cif.gz | 65.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ov9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ov9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1j06S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 60233.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 32-574 / Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Ache / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P21836, acetylcholinesterase #2: Sugar | |
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-Non-polymers , 9 types, 560 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-CVI / #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Chemical | ChemComp-PGE / | #9: Chemical | ChemComp-AE3 / | #10: Chemical | ChemComp-PE4 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.35 Å3/Da / Density % sol: 71.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 30% (v/v) polyethylene glycol 750 monomethylether, 100 mM HEPES, pH 7.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1.03805 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03805 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→29.106 Å / Num. obs: 80635 / % possible obs: 98.22 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04764 / Rrim(I) all: 0.0545 / Net I/σ(I): 16.39 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.486 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4941 / Num. measured obs: 32579 / Num. unique all: 7919 / Rrim(I) all: 0.5644 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 1J06 Resolution: 2.4→29.106 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.64 / Details: TLS was used in refinement
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 388.22 Å2 / Biso mean: 54.7852 Å2 / Biso min: 25.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→29.106 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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