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万見
- PDB-1eea: Acetylcholinesterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eea
タイトルAcetylcholinesterase
要素PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)
キーワードHYDROLASE / SERINE HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Electrophorus electricus (デンキウナギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Raves, M.L. / Giles, K. / Schrag, J.D. / Schmid, M.F. / Phillips Jr., G.N. / Wah, C. / Howard, A.J. / Silman, I. / Sussman, J.L.
引用
ジャーナル: Structure and Function of Cholinesterases and Related Proteins
年: 1998
タイトル: Quaternary Structure of Tetrameric Acetylcholinesterase
著者: Raves, M.L. / Giles, K. / Schrag, J.D. / Schmid, M.F. / Phillips Jr., G.N. / Wah, C. / Howard, A.J. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Doctor, B.P. / Quinn, D.M. / Rotundo, R.L. / Taylor, P.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997
タイトル: Interactions underlying subunit association in cholinesterases.
著者: Giles, K.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic structure of acetylcholinesterase from Torpedo californica: a prototypic acetylcholine-binding protein.
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of 11 S acetylcholinesterase.
著者: Schrag, J.D. / Schmid, M.F. / Morgan, D.G. / Phillips Jr., G.N. / Chiu, W. / Tang, L.
履歴
登録1999年1月26日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年5月21日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / citation_editor
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.62019年12月18日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.72023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4611
ポリマ－60,4611
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)

A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9222
ポリマ－120,9222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area36470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.860, 201.460, 235.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)


分子量: 60461.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: SEE REMARK 450 FOR INFORMATION REGARDING THE SOURCE AND SEQUENCE
由来: (天然) Electrophorus electricus (デンキウナギ)
器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G4 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
由来についての詳細THE SEQUENCE LISTED IN THE SEQRES RECORD IS OF TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE, ...THE SEQUENCE LISTED IN THE SEQRES RECORD IS OF TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE, (CORRESPONDING TO THE STRUCTURE) NOT OF ELECTROPHORUS ELECTRICUS. AT THE RESOLUTION OF THE EXPERIMENTAL DATA (4.5 A) NO SEQUENCE DISCREPANCIES CAN BE SEEN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 81 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1987年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→34.3 Å / Num. obs: 9717 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 4.5→4.65 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


最高解像度: 4.5 Å
詳細: NO REFINEMENT WAS CARRIED OUT ON THE MODEL. FINAL MODEL IS MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION FOR SEARCH MODEL 2ACE. ONLY ONE MONOMER WAS FOUND TO OCCUPY THE ASYMMETRIC UNIT. THE FULL PACKING OF ...詳細: NO REFINEMENT WAS CARRIED OUT ON THE MODEL. FINAL MODEL IS MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION FOR SEARCH MODEL 2ACE. ONLY ONE MONOMER WAS FOUND TO OCCUPY THE ASYMMETRIC UNIT. THE FULL PACKING OF THE UNIT CELL (16 MONOMERS, 4 TETRAMERS) SHOWS LARGE VOIDS THAT COULD EASILY BE OCCUPIED BY FOUR MORE TETRAMERS BY SIMPLE TRANSLATION OF THE OBTAINED TETRAMERS BY HALF THE C AXIS. REFINEMENT DOES NOT AGREE WITH TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 0 0 4115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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