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- PDB-1oce: ACETYLCHOLINESTERASE (E.C. 3.1.1.7) COMPLEXED WITH MF268 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oce
タイトルACETYLCHOLINESTERASE (E.C. 3.1.1.7) COMPLEXED WITH MF268
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / CARBOXYLIC ESTERASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / SERINE ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-2,6-DIMETHYLMORPHOLINOOCTYLCARBAMYLESEROLINE / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bartolucci, C. / Perola, E. / Cellai, L. / Brufani, M. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: "Back door" opening implied by the crystal structure of a carbamoylated acetylcholinesterase.
著者: Bartolucci, C. / Perola, E. / Cellai, L. / Brufani, M. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997
タイトル: Long Chain Analogs of Physostigmine as Potential Drugs for Alzheimer'S Disease: New Insights Into the Mechanism of Action in the Inhibition of Acetylcholinesterase
著者: Perola, E. / Cellai, L. / Lamba, D. / Filocamo, L. / Brufani, M.
#2: ジャーナル: J.Neurosci.Res. / 年: 1996
タイトル: Effects of Mf-268, a New Cholinesterase Inhibitor, on Acetylcholine and Biogenic Amines in Rat Cortex
著者: Zhu, X.D. / Cuadra, G. / Brufani, M. / Maggi, T. / Pagella, P.G. / Williams, E. / Giacobini, E.
#3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 1995
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of New Acetylcholinesterase Inhibitors: Morpholinoalkylcarbamoyloxyeseroline Derivatives
著者: Alisi, M.A. / Brufani, M. / Filocamo, L. / Gostoli, G. / Licandro, E. / Cesta, M.C. / Lappa, S. / Marchesini, D. / Pagella, P.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
履歴
登録1998年6月12日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年6月2日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0072
ポリマ－60,7371
非ポリマー2701
水2,828157
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0144
ポリマ－121,4732
非ポリマー5412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3240 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area36970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.496, 111.496, 137.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE


分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: INTER-MONOMER DISULFIDE BRIDGE / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-MF2 / CIS-2,6-DIMETHYLMORPHOLINOOCTYLCARBAMYLESEROLINE / MF268


分子量: 270.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sussman, J.L., (1988) J. Mol. Biol., 203, 821.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 %PEG2001reservoir
28-10 mg/mlprotein1drop
318 %PEG2001drop
40.5 MMES1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 24049 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 69.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 248837 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.7 % / Num. unique obs: 1886 / Rmerge(I) obs: 0.648

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


解像度: 2.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1096 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 22426 84.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20.43 Å20 Å2
2--2.23 Å20 Å2
3----4.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4205 0 19 157 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 148 4.8 %
Rwork0.327 2913 -
obs--70.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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