PDB-5zp4: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp4

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 10 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp4.cif.gz	517.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp4.ent.gz	420.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zp4_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zp4_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	5zp4_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	5zp4_validation.cif.gz	81.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1avk-1 5zp2-2 5zpc-d 5zoz-2 5zp9-d 3x42-d 1iqx-d 5zoy-2 5zpn-1 1ui8-d 5zpm-1 5zpo-2 5zpp-2 3x40-2 5zoz-1 1iu7-d 5zp5-2 5zp1-2 5zpl-2 3x3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.731, 64.838, 158.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1136- HOH
2	1	A-1265- HOH
3	1	B-1090- HOH
4	1	B-1181- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 162845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 4.138 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 609475

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	3.7	0.43	8077	0.88	0.26	0.504	1.149	100
1.83-1.86	3.7	0.375	8114	0.903	0.226	0.439	1.171	100
1.86-1.9	3.8	0.32	8092	0.928	0.193	0.374	1.266	100
1.9-1.94	3.7	0.272	8068	0.944	0.164	0.318	1.317	100
1.94-1.98	3.8	0.235	8072	0.95	0.142	0.275	1.366	100
1.98-2.03	3.8	0.207	8154	0.964	0.124	0.242	1.521	100
2.03-2.08	3.8	0.186	8086	0.971	0.112	0.218	1.578	100
2.08-2.13	3.8	0.173	8078	0.971	0.104	0.202	1.592	100
2.13-2.2	3.8	0.154	8114	0.97	0.093	0.18	1.861	100
2.2-2.27	3.8	0.141	8113	0.98	0.084	0.165	1.871	100
2.27-2.35	3.8	0.131	8124	0.98	0.078	0.153	1.997	100
2.35-2.44	3.8	0.13	8151	0.977	0.078	0.152	2.418	100
2.44-2.55	3.8	0.129	8130	0.978	0.077	0.151	2.709	100
2.55-2.69	3.8	0.13	8166	0.976	0.078	0.152	3.504	100
2.69-2.86	3.8	0.125	8136	0.975	0.074	0.145	4.684	100
2.86-3.08	3.8	0.109	8145	0.979	0.065	0.127	5.941	100
3.08-3.39	3.7	0.079	8187	0.988	0.047	0.092	5.35	100
3.39-3.88	3.7	0.055	8179	0.992	0.033	0.064	6.987	100
3.88-4.88	3.7	0.046	8244	0.995	0.028	0.054	11.195	100
4.88-50	3.5	0.051	8415	0.989	0.032	0.06	24.111	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.799→35.135 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1681	8084	4.97 %
R_work	0.1447	-	-
obs	0.1459	162694	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→35.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	5	1004	10747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	13998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.148	8277
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7987-1.8192	0.2368	253	0.2311	4872	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8192-1.8406	0.2115	276	0.2113	5129	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8406-1.863	0.2633	280	0.2115	5153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.8866	0.223	281	0.2008	5135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8866-1.9114	0.2343	289	0.1906	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9114-1.9376	0.2075	293	0.1766	5084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9376-1.9653	0.18	253	0.1659	5198	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9653-1.9946	0.1869	279	0.1562	5089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9946-2.0258	0.195	250	0.1531	5195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.059	0.1823	277	0.1583	5074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.0945	0.1809	246	0.1575	5205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0945-2.1326	0.1791	245	0.1531	5115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1326-2.1736	0.1729	288	0.1514	5189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.218	0.1834	258	0.1496	5154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.218-2.2662	0.1736	256	0.1508	5122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2662-2.3189	0.1817	280	0.1502	5185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3189-2.3769	0.1607	250	0.1493	5149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3769-2.4411	0.1935	287	0.1549	5145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4411-2.5129	0.1893	266	0.1533	5135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5129-2.594	0.1807	289	0.1613	5178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.594-2.6867	0.1696	269	0.1535	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6867-2.7942	0.1886	272	0.1558	5121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.9213	0.1726	274	0.1511	5184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9213-3.0753	0.1811	261	0.147	5195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0753-3.2678	0.1588	283	0.1356	5175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2678-3.5199	0.1426	290	0.1243	5175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5199-3.8737	0.1318	266	0.1098	5174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8737-4.4333	0.1302	267	0.1078	5233	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4333-5.5819	0.12	281	0.1102	5224	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5819-35.1413	0.165	225	0.1523	5353	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4073	-0.4614	-1.0008	4.0085	0.2196	1.5372	0.0199	-0.027	0.0195	0.185	-0.1222	0.196	-0.1891	-0.367	0.0458	0.1663	0.04	0.0432	0.2023	-0.0675	0.1389	175.6438	24.3801	34.9146
2	0.401	0.0366	-0.088	0.2463	0.0027	1.3606	0.0003	-0.0709	0.0218	0.0433	-0.0135	-0.0003	-0.1116	-0.0205	0.0142	0.1078	0.0012	-0.0092	0.071	-0.0045	0.131	190.4657	17.1946	16.8421
3	1.7639	-0.3262	0.5341	0.2314	-0.0803	1.2041	-0.0262	0.0849	0.098	-0.0012	-0.0144	-0.0128	-0.1763	0.0017	0.0456	0.1	0.0022	-0.0121	0.0661	-0.0083	0.1125	189.3161	19.4817	4.4352
4	1.3032	0.186	-1.1268	4.2944	-0.003	2.3682	-0.0058	0.0291	-0.0235	-0.1023	-0.0115	-0.2326	-0.0556	0.3789	-0.0023	0.0975	-0.0182	0.0544	0.1445	0.0395	0.1369	177.3563	-7.4907	36.6897
5	0.9306	0.0561	-0.0908	0.3562	0.0018	0.8257	0.0006	0.3148	-0.062	-0.1056	-0.0046	-0.0095	-0.0432	-0.2308	0.0222	0.1651	0.0256	-0.0248	0.1745	0.0153	0.1399	149.8597	-13.6651	37.8277
6	0.2918	-0.1121	-0.1264	0.2481	0.0049	1.0576	0.0448	0.0199	0.0387	-0.0392	-0.0147	-0.0119	-0.2377	0.0639	-0.0161	0.1481	-0.0189	0.0005	0.0814	-0.001	0.1364	165.3971	-5.2371	59.007
7	0.3724	-0.0651	-0.0348	0.2964	-0.0381	1.1045	-0.0115	0.0117	-0.035	-0.013	0.0063	-0.0209	0.0918	0.1296	-0.0008	0.0921	0.0096	-0.0042	0.0716	-0.0014	0.1295	165.9654	-22.5695	62.9411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 581 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 582 through 628 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 225 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 226 through 402 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 403 through 628 )

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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