PDB-5zp3: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp3

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 10 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.782 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp3.cif.gz	518.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp3.ent.gz	421.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zp3_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zp3_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	5zp3_validation.xml.gz	53.3 KB	表示
CIF形式データ	5zp3_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cfg-d 5zpp-2 1iu7-d 5zou-d 5zpo-2 5zpi-d 5zoy-2 3x40-2 3x3x-2 3x40-1 2zl8-d 3x41-d 1wmp-d 5zpn-1 5zpt-1 5zps-1 1ivv-d 5zpb-d 5zpe-d 5zpq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.811, 64.969, 159.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.200, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1248- HOH
2	1	B-1041- HOH
3	1	B-1186- HOH
4	1	B-1274- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 167742 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 3.743 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 610106

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	3.5	0.566	8319	0.793	0.353	0.669	1.077	99.5
1.81-1.84	3.5	0.486	8307	0.831	0.302	0.574	1.133	99.6
1.84-1.88	3.5	0.424	8289	0.866	0.264	0.501	1.145	99.7
1.88-1.92	3.5	0.34	8350	0.844	0.212	0.402	1.149	99.8
1.92-1.96	3.5	0.29	8396	0.932	0.179	0.341	1.21	99.9
1.96-2	3.6	0.245	8286	0.933	0.152	0.289	1.399	100
2-2.05	3.6	0.21	8338	0.962	0.129	0.247	1.396	100
2.05-2.11	3.6	0.194	8367	0.964	0.119	0.228	1.342	100
2.11-2.17	3.7	0.174	8412	0.962	0.106	0.204	1.583	100
2.17-2.24	3.7	0.154	8352	0.973	0.093	0.18	1.709	100
2.24-2.32	3.7	0.14	8351	0.975	0.084	0.164	1.798	100
2.32-2.42	3.7	0.133	8368	0.977	0.08	0.156	1.986	100
2.42-2.53	3.8	0.131	8340	0.978	0.078	0.152	2.305	100
2.53-2.66	3.8	0.128	8417	0.951	0.077	0.15	2.943	100
2.66-2.83	3.8	0.119	8445	0.975	0.071	0.139	3.882	100
2.83-3.04	3.8	0.109	8377	0.975	0.065	0.128	4.861	100
3.04-3.35	3.7	0.084	8413	0.985	0.05	0.098	5.477	100
3.35-3.83	3.7	0.057	8447	0.983	0.034	0.066	6.349	100
3.83-4.83	3.7	0.044	8510	0.991	0.027	0.052	9.941	100
4.83-50	3.5	0.05	8658	0.986	0.03	0.058	21.018	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.782→33.274 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1716	8355	4.99 %
R_work	0.1471	-	-
obs	0.1484	167564	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.19 Å² / B_iso mean: 27.7923 Å² / B_iso min: 8.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.782→33.274 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	17	932	10687
B_iso mean	-	-	32	41.04	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	13937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.909	8249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.782-1.8023	0.2826	259	0.2563	5010	5269	94
1.8023-1.8235	0.2744	248	0.2413	5260	5508	100
1.8235-1.8457	0.2451	286	0.2249	5284	5570	100
1.8457-1.8691	0.246	288	0.2184	5268	5556	100
1.8691-1.8937	0.239	275	0.2033	5281	5556	100
1.8937-1.9196	0.2174	269	0.1906	5278	5547	100
1.9196-1.947	0.1962	263	0.1793	5271	5534	100
1.947-1.9761	0.2309	280	0.1731	5343	5623	100
1.9761-2.007	0.1992	252	0.1711	5302	5554	100
2.007-2.0399	0.1798	265	0.1644	5317	5582	100
2.0399-2.075	0.1938	296	0.1624	5280	5576	100
2.075-2.1128	0.1821	256	0.1545	5297	5553	100
2.1128-2.1534	0.185	275	0.1486	5303	5578	100
2.1534-2.1973	0.1786	273	0.1465	5303	5576	100
2.1973-2.2451	0.1737	277	0.1501	5350	5627	100
2.2451-2.2973	0.1833	268	0.153	5302	5570	100
2.2973-2.3548	0.1765	275	0.1487	5288	5563	100
2.3548-2.4184	0.193	316	0.1532	5313	5629	100
2.4184-2.4896	0.2019	272	0.1557	5362	5634	100
2.4896-2.5699	0.1973	292	0.1599	5262	5554	100
2.5699-2.6617	0.1962	290	0.1596	5324	5614	100
2.6617-2.7682	0.18	295	0.1549	5303	5598	100
2.7682-2.8941	0.1676	289	0.1514	5330	5619	100
2.8941-3.0466	0.1738	298	0.1495	5310	5608	100
3.0466-3.2374	0.1923	272	0.1432	5343	5615	100
3.2374-3.4871	0.1431	275	0.1246	5367	5642	100
3.4871-3.8375	0.131	304	0.1185	5332	5636	100
3.8375-4.3917	0.1287	269	0.1096	5383	5652	100
4.3917-5.529	0.1153	285	0.1101	5392	5677	100
5.529-33.2793	0.1786	293	0.1555	5451	5744	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0202	-0.1518	-1.3556	4.8899	-0.66	2.5656	-0.0027	0.0062	0.0077	0.1855	-0.0917	0.2417	-0.2098	-0.3837	0.027	0.1627	0.0419	0.0294	0.2103	-0.0681	0.1683	175.8376	24.2051	34.9271
2	0.4153	0.0326	-0.1328	0.2883	0.0135	1.4314	0.006	-0.0753	0.0197	0.0466	-0.0157	-0.0132	-0.1395	0.0224	0.0157	0.1362	-0.0014	-0.0132	0.0939	-0.0015	0.1659	191.704	19.1459	16.684
3	0.6792	-0.0348	0.0729	0.278	0.0006	1.3347	-0.0165	-0.0251	-0.0133	0.0463	-0.0115	0.0188	0.0255	-0.1363	0.0257	0.1191	-0.0081	-0.0074	0.0962	-0.0076	0.1459	185.6447	11.5306	12.9162
4	1.2258	-0.0024	-1.3051	4.8252	0.2985	3.0989	0.011	-0.044	-0.0237	-0.1324	-0.0499	-0.273	-0.0609	0.369	-0.0298	0.1179	-0.0059	0.0502	0.1674	0.0483	0.17	177.4724	-7.4974	36.9387
5	7.0574	3.175	1.2054	1.6214	0.8998	1.416	-0.091	0.3872	0.3816	-0.0915	0.0249	-0.108	-0.0746	-0.0172	0.0709	0.2239	0.0278	0.0371	0.1643	0.0324	0.1202	167.7432	-14.2682	32.2709
6	1.097	0.0914	0.0876	0.3258	0.0478	1.2609	0.0005	0.2477	-0.0103	-0.0918	0.0205	0.0162	-0.1431	-0.0826	-0.018	0.1638	0.0328	-0.0111	0.1129	0.0264	0.1527	154.2629	-9.8912	46.9719
7	0.2579	-0.1532	-0.1837	0.2169	-0.0797	1.2665	0.0501	0.0375	0.0295	-0.0574	-0.0228	0.0142	-0.2778	-0.0084	-0.0067	0.1916	-0.0036	-0.0014	0.1248	-0.0056	0.1786	161.206	-5.9403	58.1848
8	0.4192	-0.0294	-0.0625	0.3746	-0.0149	1.1253	-0.0032	0.0111	-0.0467	-0.0124	-0.001	-0.0258	0.0972	0.1313	0.003	0.127	0.0131	-0.0079	0.1173	-0.0028	0.1718	165.9595	-22.4266	62.9765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 516 )	A	73 - 516
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 517 through 628 )	A	517 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 114 )	B	73 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 115 through 277 )	B	115 - 277
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 278 through 402 )	B	278 - 402
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 403 through 628 )	B	403 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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