PDB-5zpm: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpm

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 7 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpm.cif.gz	529.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpm.ent.gz	430.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zoy-2 1wmp-d 5zpn-1 1iu7-d 5zpc-d 5zp4-1 5zou-d 5zpp-2 5zp2-2 5zp3-1 1ui8-d 5zpq-2 5zp9-d 5zp1-2 5zps-1 5zpo-2 2cwv-d 5zpg-d 5zpt-1 3x42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.866, 64.320, 158.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1100- HOH
2	1	A-1218- HOH
3	1	B-1188- HOH
4	1	B-1191- HOH
5	1	B-1306- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 208626 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 1.741 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	3.6	0.68	10332	0.745	0.418	0.8	0.968	99.9
1.68-1.71	3.7	0.59	10382	0.795	0.359	0.692	0.978	100
1.71-1.74	3.7	0.548	10378	0.825	0.332	0.642	1.017	100
1.74-1.78	3.7	0.457	10408	0.862	0.276	0.536	1.049	100
1.78-1.82	3.7	0.379	10371	0.901	0.229	0.444	1.091	100
1.82-1.86	3.7	0.332	10388	0.916	0.2	0.388	1.141	100
1.86-1.9	3.7	0.268	10364	0.946	0.161	0.313	1.214	100
1.9-1.96	3.7	0.222	10449	0.959	0.134	0.26	1.293	100
1.96-2.01	3.7	0.187	10368	0.97	0.112	0.218	1.4	100
2.01-2.08	3.7	0.163	10400	0.977	0.098	0.191	1.448	100
2.08-2.15	3.7	0.149	10395	0.978	0.09	0.175	1.556	100
2.15-2.24	3.7	0.131	10404	0.983	0.079	0.153	1.638	99.9
2.24-2.34	3.7	0.121	10395	0.985	0.072	0.141	1.786	100
2.34-2.46	3.7	0.118	10463	0.985	0.071	0.137	1.996	99.9
2.46-2.62	3.7	0.114	10416	0.985	0.069	0.133	2.36	100
2.62-2.82	3.7	0.102	10492	0.988	0.062	0.12	2.725	100
2.82-3.11	3.6	0.086	10445	0.99	0.053	0.101	3.136	100
3.11-3.55	3.7	0.063	10485	0.995	0.039	0.075	3.069	100
3.55-4.48	3.7	0.046	10547	0.997	0.028	0.054	2.732	99.8
4.48-50	3.5	0.035	10744	0.998	0.022	0.042	2.302	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.65→36.675 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1712	10332	4.96 %
R_work	0.1485	-	-
obs	0.1497	208506	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9754	0	17	1018	10789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	14230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.958	9434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.649-1.6677	0.2921	326	0.2719	6147	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6677-1.6873	0.2585	327	0.2572	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6873-1.7079	0.277	366	0.2445	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7079-1.7295	0.2694	344	0.2338	6619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7295-1.7523	0.2482	353	0.2257	6617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7523-1.7763	0.2355	316	0.2058	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7763-1.8016	0.2228	317	0.1918	6600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8016-1.8285	0.1796	357	0.1803	6587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8285-1.8571	0.1914	341	0.1709	6596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8571-1.8876	0.1846	323	0.1683	6641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8876-1.9201	0.1904	333	0.1598	6580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9201-1.955	0.1853	359	0.1565	6608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.955-1.9926	0.1782	358	0.1562	6606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9926-2.0333	0.1717	331	0.1533	6604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0333-2.0775	0.1675	386	0.1456	6577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0775-2.1258	0.1786	364	0.144	6528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1258-2.179	0.1615	350	0.1417	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.179-2.2379	0.1598	333	0.1419	6635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2379-2.3037	0.1753	318	0.1464	6670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3037-2.3781	0.1665	356	0.1442	6617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3781-2.463	0.1814	343	0.1531	6586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.5616	0.1722	345	0.1535	6635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6782	0.1737	340	0.1588	6685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.8193	0.1947	326	0.1611	6620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8193-2.9959	0.178	351	0.1539	6638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9959-3.2271	0.1666	347	0.1426	6649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2271-3.5516	0.1456	356	0.1231	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5516-4.065	0.1325	365	0.1111	6690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.065-5.1192	0.1239	357	0.1056	6701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1192-36.6842	0.1763	344	0.15	6788	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6115	0.0027	-0.898	2.1087	0.35	0.5592	0.1205	-0.12	0.1049	0.3574	-0.1908	0.0994	-0.2424	-0.2152	0.0262	0.2774	0.0342	0.0383	0.2694	-0.0728	0.1613	-16.266	18.374	36.484
2	1.6627	0.794	-1.3564	4.0469	0.6852	2.2572	0.0071	-0.1626	-0.0125	0.201	-0.1196	0.4981	-0.2529	-0.5332	-0.0295	0.1687	0.008	0.0628	0.3005	-0.0869	0.1934	-19.67	9.768	35.104
3	3.6344	0.6666	1.2121	0.2392	0.3781	0.6798	-0.0044	-0.4607	0.0586	0.1559	-0.0328	-0.0398	-0.0117	0.1539	0.0574	0.1971	-0.0415	-0.033	0.3582	0.0073	0.1641	13.329	7.939	39.027
4	0.9089	-0.1095	0.1675	0.3367	-0.184	1.2048	-0.0067	-0.1541	0.0368	0.0641	-0.0119	-0.0096	-0.1959	0.0291	0.0147	0.1647	-0.0187	-0.0084	0.1089	-0.0385	0.1245	1.837	13.614	21.052
5	0.2956	0.0677	-0.0144	0.2827	0.0112	1.0831	0.0039	-0.0143	-0.0021	0.0158	-0.0122	0.007	-0.0821	-0.0749	0.0107	0.0933	0.008	-0.0055	0.1063	-0.0023	0.1187	-5.389	8.211	8.386
6	0.7303	-0.0474	0.2112	0.2264	0.0251	1.1161	0.0102	-0.0788	-0.0102	0.0392	-0.0137	0.0301	0.0119	-0.1409	-0.0049	0.0911	-0.0078	-0.0005	0.1034	-0.0074	0.1119	-8.201	2.146	12.883
7	0.7706	-0.0286	-0.5459	1.252	-0.4413	2.0091	0.0113	0.0871	0.0321	-0.171	0.0266	-0.0415	-0.1329	0.3226	-0.0438	0.1844	-0.0276	0.0325	0.2256	0.0321	0.1642	-17.992	-13.429	35.085
8	1.7548	-0.4713	-1.1725	4.1199	-0.8494	2.4502	-0.08	0.0398	-0.1295	-0.1396	0.0358	-0.4461	-0.0877	0.4824	-0.1028	0.1113	0.0205	0.053	0.2052	0.0191	0.1524	-14.746	-22.088	36.609
9	2.3683	-0.3074	0.2569	0.4836	-0.2971	1.222	0.0001	0.4441	-0.0843	-0.1429	-0.0025	-0.0202	0.0212	-0.1054	0.0014	0.1655	0.0024	-0.0239	0.2327	-0.021	0.132	-46.742	-26.708	33.165
10	0.7285	0.0516	0.1114	0.3524	0.1529	1.0189	0.0142	0.0294	0.0832	-0.0275	0.007	0.0065	-0.2248	0.045	-0.0144	0.1681	-0.0093	-0.001	0.065	0.0232	0.1315	-31.244	-11.476	59.126
11	0.2694	-0.0529	-0.0803	0.2581	-0.0082	0.8845	0.0128	0.0084	-0.0151	-0.0137	0.0005	-0.0087	-0.0443	0.0504	-0.011	0.11	-0.0042	-0.0044	0.1031	-0.0022	0.1347	-30.239	-23.552	62.679
12	0.6347	0.0682	0.1698	0.1924	-0.0272	0.9756	0.0108	0.0596	-0.0268	-0.0347	-0.0084	-0.0367	0.048	0.1179	-0.0056	0.1097	0.0103	-0.0015	0.1011	0.0023	0.1333	-27.253	-29.574	58.335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 277 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 278 through 516 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 517 through 628 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 191 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 192 through 277 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 278 through 516 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 517 through 628 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)