PDB-5zpd: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpd

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.665 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpd.cif.gz	513.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpd.ent.gz	417.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yx9-d 5zp0-2 1wmo-d 5zpt-2 1avl-1 1ivv-d 5zpr-2 5zpf-d 1ui7-d 2zl8-d 1iqy-d 5zp1-1 5zpo-1 1ivw-d 2cfd-d 1w6g-1 5zps-2 1rjo-1 5zp7-d 2e2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.603, 64.612, 158.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1385- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 202832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.66 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 832090

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.67-1.7	4	0.668	10064	0.811	0.379	0.77	0.912	99.7
1.7-1.73	4.1	0.614	10039	0.836	0.344	0.705	0.964	99.9
1.73-1.76	4.2	0.53	9969	0.875	0.295	0.608	0.966	100
1.76-1.8	4.2	0.424	10104	0.914	0.236	0.486	1.019	100
1.8-1.84	4.2	0.36	10028	0.934	0.2	0.413	1.067	100
1.84-1.88	4.2	0.303	10086	0.95	0.169	0.348	1.144	100
1.88-1.93	4.2	0.247	10080	0.966	0.137	0.283	1.21	100
1.93-1.98	4.2	0.205	10032	0.977	0.114	0.235	1.297	100
1.98-2.04	4.2	0.173	10113	0.983	0.096	0.198	1.361	100
2.04-2.1	4.2	0.156	10032	0.984	0.087	0.179	1.435	100
2.1-2.18	4.2	0.139	10109	0.986	0.077	0.16	1.52	100
2.18-2.27	4.2	0.123	10101	0.989	0.068	0.141	1.609	100
2.27-2.37	4.2	0.113	10136	0.99	0.063	0.13	1.708	100
2.37-2.49	4.2	0.111	10083	0.991	0.062	0.128	1.95	100
2.49-2.65	4.1	0.107	10076	0.991	0.06	0.123	2.372	100
2.65-2.86	4.1	0.095	10147	0.992	0.054	0.109	2.714	100
2.86-3.14	4	0.08	10135	0.994	0.046	0.092	3.094	100
3.14-3.6	4.1	0.055	10212	0.997	0.031	0.064	2.719	100
3.6-4.53	4	0.04	10186	0.998	0.022	0.046	2.27	99.9
4.53-50	3.9	0.032	10417	0.999	0.018	0.037	1.948	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.665→39.666 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1718	10199	5.03 %
R_work	0.153	192633	-
obs	0.1539	202149	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.79 Å² / B_iso mean: 26.308 Å² / B_iso min: 8.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.665→39.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	4	964	10704
B_iso mean	-	-	15.53	38.98	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	13774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.945	5971

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6653-1.6842	0.2874	237	0.2678	5173	5410	80
1.6842-1.704	0.255	361	0.2498	6450	6811	100
1.704-1.7248	0.2515	365	0.2398	6348	6713	100
1.7248-1.7466	0.251	341	0.2323	6472	6813	100
1.7466-1.7696	0.232	336	0.2218	6415	6751	100
1.7696-1.7939	0.2102	329	0.2148	6487	6816	100
1.7939-1.8195	0.2555	332	0.214	6400	6732	100
1.8195-1.8466	0.2431	299	0.2063	6533	6832	100
1.8466-1.8755	0.2169	337	0.1849	6379	6716	100
1.8755-1.9063	0.194	335	0.1735	6474	6809	100
1.9063-1.9391	0.187	355	0.1699	6415	6770	100
1.9391-1.9744	0.1924	346	0.1611	6420	6766	100
1.9744-2.0124	0.1854	327	0.1576	6498	6825	100
2.0124-2.0534	0.1804	359	0.1561	6381	6740	100
2.0534-2.0981	0.1885	347	0.1569	6477	6824	100
2.0981-2.1469	0.169	368	0.1531	6441	6809	100
2.1469-2.2006	0.1674	330	0.1537	6435	6765	100
2.2006-2.2601	0.1658	381	0.1492	6424	6805	100
2.2601-2.3266	0.1838	355	0.1512	6460	6815	100
2.3266-2.4016	0.1795	334	0.1522	6462	6796	100
2.4016-2.4875	0.19	335	0.1582	6536	6871	100
2.4875-2.587	0.1929	330	0.1616	6451	6781	100
2.587-2.7048	0.1874	310	0.1604	6501	6811	100
2.7048-2.8473	0.1741	356	0.1594	6453	6809	100
2.8473-3.0257	0.1716	346	0.1497	6476	6822	100
3.0257-3.2592	0.161	327	0.1462	6537	6864	100
3.2592-3.587	0.1506	355	0.1275	6512	6867	100
3.587-4.1055	0.134	350	0.1161	6513	6863	100
4.1055-5.1707	0.1157	328	0.1087	6541	6869	100
5.1707-39.6775	0.1575	388	0.1553	6569	6957	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5817	0.7709	-1.0431	3.6698	0.11	2.005	0.0999	0.1718	0.007	-0.345	-0.167	-0.2736	-0.1214	0.4662	0.0205	0.2161	0.0338	0.0793	0.3588	0.0889	0.1693	49.1924	5.2308	0.8991
2	0.5506	-0.0428	-0.033	0.2597	-0.0511	0.935	0.0204	0.217	0.0211	-0.0929	-0.0222	-0.0008	-0.1567	0.0378	0.0017	0.1569	0.0204	-0.0004	0.167	0.0172	0.1372	30.8542	4.4556	14.074
3	0.5293	-0.0989	0.1157	0.3246	-0.0061	1.0976	0.0151	0.1068	-0.0488	-0.0245	-0.0123	-0.0162	0.0911	0.1813	0.0028	0.1066	0.0227	-0.0012	0.1278	-0.0029	0.136	38.3001	-8.8677	27.4124
4	0.9734	-0.2382	-0.8663	4.1083	-0.1986	3.0942	0.0197	-0.027	0.015	0.0241	-0.0341	0.1902	-0.0312	-0.3686	-0.0023	0.1026	0.0198	0.036	0.1319	-0.0442	0.1397	11.3783	7.5132	69.519
5	0.3782	0.0234	-0.036	0.2114	0.0561	0.996	0.0093	-0.0133	0.0067	0.0309	-0.002	-0.0025	-0.0793	0.0008	-0.0038	0.1134	-0.0001	-0.0035	0.0638	0.0063	0.1348	26.5916	0.0302	51.1129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 402 )	A	73 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 403 through 628 )	A	403 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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