PDB-5zou: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zou

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH6 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zou.cif.gz	516.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zou.ent.gz	420.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zpp-2 2zl8-d 5zpc-d 5zp3-1 1iu7-d 5zoz-1 5zp0-1 1ui8-d 5zph-d 5zoy-2 5zp9-d 5zp2-2 1w5z-1 1ivv-d 5zpn-1 5zoz-2 5zox-1 5zpg-d 1avl-1 5zpo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.440, 64.244, 158.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1326- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 195888 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 3.91 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.68-1.71	4	0.636	9596	0.827	0.362	0.734	0.798	97.2
1.71-1.74	4.1	0.601	9624	0.843	0.334	0.689	0.85	98.2
1.74-1.77	4.2	0.529	9709	0.898	0.289	0.604	0.883	98.4
1.77-1.81	4.2	0.43	9622	0.924	0.233	0.49	0.923	98.4
1.81-1.85	4.2	0.373	9688	0.931	0.203	0.425	1.017	98.5
1.85-1.89	4.2	0.308	9753	0.952	0.168	0.351	1.062	98.7
1.89-1.94	4.2	0.25	9687	0.967	0.137	0.286	1.114	98.8
1.94-1.99	4.2	0.208	9715	0.976	0.114	0.238	1.242	98.9
1.99-2.05	4.2	0.177	9733	0.98	0.097	0.202	1.313	99
2.05-2.12	4.2	0.159	9795	0.982	0.087	0.181	1.409	99
2.12-2.19	4.2	0.142	9768	0.982	0.078	0.162	1.549	99.2
2.19-2.28	4.2	0.123	9783	0.988	0.068	0.141	1.57	99.3
2.28-2.38	4.2	0.114	9844	0.984	0.063	0.13	1.833	99.4
2.38-2.51	4.2	0.111	9789	0.985	0.061	0.127	2.134	99.5
2.51-2.67	4.2	0.109	9895	0.985	0.06	0.125	2.814	99.7
2.67-2.87	4.2	0.101	9855	0.988	0.055	0.115	3.624	99.7
2.87-3.16	4.2	0.085	9897	0.987	0.047	0.098	5.612	99.8
3.16-3.62	4.2	0.058	9942	0.988	0.033	0.067	7.3	100
3.62-4.56	4.1	0.045	10017	0.99	0.025	0.052	12.013	100
4.56-50	4	0.05	10176	0.985	0.028	0.058	29.59	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 1iu7

1iu7

解像度: 1.68→40.353 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	9560	4.89 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.155	195550	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.61 Å² / B_iso mean: 26.9807 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→40.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	3	1024	10763
B_iso mean	-	-	16.68	40.99	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	13874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.909	8224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6795-1.6985	0.2722	315	0.2719	5834	6149	93
1.6985-1.7185	0.2658	303	0.2532	6063	6366	98
1.7185-1.7395	0.2665	294	0.2349	6156	6450	98
1.7395-1.7615	0.2251	332	0.2203	6087	6419	98
1.7615-1.7847	0.2466	338	0.2088	6140	6478	98
1.7847-1.8091	0.2057	308	0.1923	6115	6423	98
1.8091-1.835	0.2266	296	0.1873	6210	6506	99
1.835-1.8624	0.1973	310	0.1788	6128	6438	98
1.8624-1.8915	0.2089	296	0.1726	6213	6509	98
1.8915-1.9225	0.198	293	0.1633	6173	6466	99
1.9225-1.9556	0.1725	339	0.163	6158	6497	99
1.9556-1.9912	0.1797	282	0.1549	6195	6477	99
1.9912-2.0295	0.1809	314	0.1589	6156	6470	99
2.0295-2.0709	0.191	331	0.1601	6237	6568	99
2.0709-2.1159	0.1811	320	0.1593	6172	6492	99
2.1159-2.1651	0.1603	294	0.1531	6253	6547	99
2.1651-2.2193	0.1661	303	0.1515	6214	6517	99
2.2193-2.2793	0.1761	316	0.1467	6176	6492	99
2.2793-2.3463	0.1752	334	0.1488	6216	6550	99
2.3463-2.4221	0.1828	347	0.1506	6240	6587	99
2.4221-2.5086	0.181	354	0.1613	6147	6501	99
2.5086-2.6091	0.1762	308	0.1627	6298	6606	100
2.6091-2.7278	0.1953	321	0.163	6277	6598	100
2.7278-2.8715	0.1748	291	0.1635	6281	6572	100
2.8715-3.0514	0.175	326	0.1595	6306	6632	100
3.0514-3.2869	0.1785	317	0.1526	6289	6606	100
3.2869-3.6175	0.1628	336	0.1304	6270	6606	100
3.6175-4.1405	0.136	326	0.1197	6333	6659	100
4.1405-5.2148	0.1219	364	0.1135	6322	6686	100
5.2148-40.3648	0.1632	352	0.1657	6331	6683	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4356	0.5295	-1.4129	4.1942	-0.0043	2.2209	0.1143	0.1958	0.0211	-0.3816	-0.2274	-0.2679	-0.1098	0.4326	0.053	0.2297	0.0502	0.0783	0.3447	0.0887	0.1733	49.1566	5.473	0.9907
2	1.8993	-0.0594	0.1271	0.3308	-0.1208	0.4823	0.031	0.6397	-0.0732	-0.2073	-0.0395	-0.0239	0.0374	-0.0212	0.0014	0.256	0.0601	-0.006	0.4129	-0.0274	0.1876	24.2876	-3.7469	-2.1907
3	0.4837	-0.0796	0.0388	0.3079	0.0223	1.0169	0.018	0.097	0.0099	-0.0352	-0.0174	-0.0088	-0.075	0.1215	-0.0013	0.1132	0.0019	-0.0019	0.1165	0.008	0.1319	36.3949	-0.0458	25.3701
4	1.0862	-0.1293	-1.2023	4.7574	-0.3062	2.733	0.0216	0.0226	0.0395	-0.0034	-0.0476	0.2008	-0.0275	-0.4102	-0.0222	0.0986	0.0216	0.0297	0.1684	-0.0466	0.1331	11.3624	7.3691	69.4995
5	5.4089	-2.328	0.7015	1.068	-0.4983	0.9978	-0.0768	-0.3372	0.3492	0.0438	0.0261	0.0665	-0.063	-0.0394	0.061	0.1919	-0.0227	0.0234	0.1519	-0.0238	0.1379	21.1789	0.8128	73.8804
6	0.4756	0.0147	0.0382	0.2254	0.0101	0.9623	0.0049	-0.0309	-0.0004	0.0263	0.0026	-0.0119	-0.0712	-0.0101	-0.006	0.1159	0.0016	-0.0044	0.0706	0.0033	0.1357	27.043	-0.1663	49.4968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 628 )	A	192 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 114 )	B	73 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 115 through 628 )	B	115 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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