PDB-5zpi: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpi

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 293 K (3)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.747 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpi.cif.gz	513 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpi.ent.gz	417.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp3-1 5zpp-2 3x40-2 5zou-d 1iu7-d 1wmo-d 1ui7-d 3x40-1 5zp0-2 5zpm-2 2zl8-d 5zp0-1 5zoy-2 3x3x-2 5zpe-d 1ivv-d 5zpq-1 5zoz-2 5zpl-2 5zoz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.133, 64.215, 158.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1312- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 174801 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 1.914 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 724823

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	4.2	0.679	8646	0.819	0.374	0.776	0.947	99.2
1.78-1.81	4.2	0.565	8599	0.858	0.31	0.646	0.986	99.2
1.81-1.85	4.2	0.504	8694	0.887	0.277	0.576	1.053	99.3
1.85-1.89	4.2	0.415	8705	0.914	0.228	0.475	1.12	99.4
1.89-1.93	4.2	0.352	8618	0.937	0.193	0.402	1.174	99.4
1.93-1.97	4.2	0.297	8700	0.953	0.163	0.34	1.293	99.5
1.97-2.02	4.2	0.253	8696	0.966	0.139	0.29	1.354	99.5
2.02-2.07	4.2	0.23	8714	0.969	0.127	0.263	1.474	99.6
2.07-2.14	4.2	0.214	8698	0.971	0.118	0.245	1.565	99.7
2.14-2.2	4.2	0.184	8716	0.977	0.102	0.211	1.624	99.7
2.2-2.28	4.2	0.169	8679	0.981	0.093	0.193	1.762	99.8
2.28-2.38	4.2	0.156	8796	0.983	0.087	0.179	1.877	99.8
2.38-2.48	4.2	0.15	8742	0.983	0.084	0.172	1.99	99.9
2.48-2.61	4.2	0.143	8736	0.986	0.08	0.164	2.289	99.9
2.61-2.78	4.1	0.127	8778	0.987	0.071	0.145	2.594	99.9
2.78-2.99	4.1	0.108	8756	0.99	0.061	0.124	2.921	99.9
2.99-3.29	4	0.086	8798	0.993	0.049	0.099	3.12	99.9
3.29-3.77	4	0.064	8841	0.995	0.037	0.074	3.201	99.9
3.77-4.75	3.9	0.052	8841	0.997	0.03	0.06	3.262	99.8
4.75-50	3.8	0.044	9048	0.997	0.026	0.052	3.112	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.747→40.349 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	8744	5.01 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1541	174591	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.66 Å² / B_iso mean: 25.1339 Å² / B_iso min: 7.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.747→40.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	32	867	10635
B_iso mean	-	-	54.62	37.21	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10167
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	13873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.593	8227

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7465-1.7664	0.3215	263	0.2668	5075	5338	92
1.7664-1.7872	0.2648	318	0.2551	5519	5837	99
1.7872-1.8089	0.2686	264	0.2345	5436	5700	99
1.8089-1.8318	0.2423	297	0.2285	5483	5780	99
1.8318-1.856	0.2508	297	0.2157	5528	5825	99
1.856-1.8814	0.2346	307	0.2037	5485	5792	99
1.8814-1.9083	0.2238	310	0.195	5439	5749	99
1.9083-1.9367	0.2079	293	0.1834	5524	5817	99
1.9367-1.967	0.2048	296	0.1771	5491	5787	99
1.967-1.9992	0.2131	265	0.173	5520	5785	99
1.9992-2.0337	0.2027	288	0.1707	5558	5846	99
2.0337-2.0707	0.1988	286	0.171	5538	5824	100
2.0707-2.1105	0.1825	323	0.169	5450	5773	100
2.1105-2.1536	0.1897	294	0.1543	5532	5826	100
2.1536-2.2004	0.1791	324	0.1575	5529	5853	100
2.2004-2.2516	0.1727	290	0.1507	5501	5791	100
2.2516-2.3079	0.1805	278	0.1516	5577	5855	100
2.3079-2.3703	0.1848	289	0.1455	5566	5855	100
2.3703-2.44	0.2028	308	0.1578	5502	5810	100
2.44-2.5188	0.2093	267	0.1647	5563	5830	100
2.5188-2.6088	0.1872	264	0.1645	5611	5875	100
2.6088-2.7132	0.1778	273	0.159	5562	5835	100
2.7132-2.8367	0.1847	326	0.1633	5586	5912	100
2.8367-2.9862	0.1891	308	0.155	5517	5825	100
2.9862-3.1732	0.1823	304	0.151	5624	5928	100
3.1732-3.4181	0.1277	259	0.1341	5593	5852	100
3.4181-3.7619	0.1421	275	0.1198	5626	5901	100
3.7619-4.3057	0.1186	323	0.1113	5580	5903	100
4.3057-5.4226	0.125	280	0.1071	5652	5932	100
5.4226-40.3602	0.1541	275	0.1546	5680	5955	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6031	-0.6356	-1.48	4.1391	0.0853	2.4415	0.1249	-0.2336	0.0318	0.4147	-0.2373	0.2648	-0.1084	-0.3927	0.0855	0.2253	-0.06	0.0817	0.3344	-0.0923	0.1687	-49.0736	5.4382	-0.9504
2	1.9978	0.0363	0.1139	0.2652	0.1467	0.3818	0.0186	-0.6097	-0.0813	0.1931	-0.031	0.0336	0.0359	0.0122	0.0109	0.2442	-0.0609	-0.0019	0.3791	0.0311	0.1718	-24.253	-3.8145	2.1701
3	0.4364	0.1038	0.0313	0.2992	0.0017	0.9459	0.0222	-0.0882	0.0019	0.0335	-0.0151	0.0135	-0.0763	-0.1208	-0.0062	0.111	-0.0024	0.0063	0.108	-0.0058	0.1265	-36.2774	-0.0475	-25.2861
4	1.3485	0.1641	-1.4584	4.8605	0.3644	2.4136	-0.0187	-0.0053	-0.0134	0.0216	-0.0245	-0.1996	-0.0248	0.3944	0.0048	0.0873	-0.0202	0.0269	0.167	0.0482	0.1295	-11.3577	7.0816	-69.4667
5	0.4268	-0.0414	0.0225	0.2339	-0.0417	0.9389	0.0126	0.0413	0.0024	-0.0272	-0.002	0.007	-0.0702	0.0184	-0.0094	0.108	-0.0005	0.0004	0.0677	-0.0043	0.128	-26.5342	-0.1486	-51.1556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 628 )	A	192 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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