PDB-5zpj: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpj

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 6 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

SPLICING / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.647 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpj.cif.gz	524.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpj.ent.gz	424.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zpj_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpj_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	5zpj_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	5zpj_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wa3-2 1ui7-d 3x40-2 1wmp-d 5zp5-2 5zpq-2 5zpe-d 5zpi-d 5zpk-2 3x3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.960, 64.597, 158.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1188- HOH
2	1	A-1221- HOH
3	1	B-1210- HOH
4	1	B-1228- HOH
5	1	B-1274- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 210429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.555 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 786257

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
1.65-1.68	3.6	0.855	10375	0.641	0.525	0.99	99.7
1.68-1.71	3.7	0.761	10498	0.712	0.462	1.014	100	0.892
1.71-1.74	3.7	0.696	10468	0.75	0.419	1.026	100	0.814
1.74-1.78	3.8	0.585	10466	0.798	0.35	1.061	100	0.683
1.78-1.82	3.8	0.487	10465	0.847	0.292	1.119	100	0.569
1.82-1.86	3.8	0.414	10507	0.88	0.248	1.135	100	0.484
1.86-1.9	3.8	0.334	10498	0.923	0.199	1.188	100	0.39
1.9-1.96	3.8	0.27	10500	0.944	0.162	1.25	100	0.316
1.96-2.01	3.8	0.219	10471	0.96	0.131	1.32	99.9	0.255
2.01-2.08	3.8	0.189	10521	0.971	0.113	1.352	100	0.22
2.08-2.15	3.8	0.171	10473	0.972	0.102	1.411	100	0.2
2.15-2.24	3.8	0.146	10491	0.979	0.087	1.465	100	0.17
2.24-2.34	3.8	0.13	10492	0.983	0.077	1.553	100	0.151
2.34-2.46	3.8	0.123	10506	0.985	0.074	1.692	99.9	0.144
2.46-2.62	3.8	0.116	10553	0.985	0.07	1.966	100	0.136
2.62-2.82	3.7	0.103	10551	0.987	0.062	2.328	99.9	0.121
2.82-3.11	3.7	0.085	10555	0.991	0.052	2.671	99.9	0.1
3.11-3.55	3.7	0.062	10575	0.994	0.038	2.652	99.9	0.073
3.55-4.48	3.7	0.041	10635	0.997	0.025	2.123	99.8	0.048
4.48-50	3.5	0.031	10829	0.999	0.019	1.772	99.6	0.037

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.647→35.43 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1753	10441	4.96 %
R_work	0.1543	199895	-
obs	0.1554	210336	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.47 Å² / B_iso mean: 22.6607 Å² / B_iso min: 5.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.647→35.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9754	0	25	996	10775
B_iso mean	-	-	39.2	35.68	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	14066
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.132	6161

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6468-1.6655	0.3305	346	0.3147	6174	6520	93
1.6655-1.6851	0.3117	324	0.2959	6621	6945	100
1.6851-1.7057	0.2929	361	0.2749	6639	7000	100
1.7057-1.7273	0.2942	321	0.2627	6641	6962	100
1.7273-1.75	0.2785	366	0.2576	6700	7066	100
1.75-1.774	0.2669	323	0.2425	6628	6951	100
1.774-1.7993	0.2475	340	0.2386	6658	6998	100
1.7993-1.8262	0.2384	367	0.2108	6644	7011	100
1.8262-1.8547	0.2206	317	0.2054	6668	6985	100
1.8547-1.8851	0.2264	329	0.1921	6702	7031	100
1.8851-1.9176	0.1916	337	0.1778	6659	6996	100
1.9176-1.9525	0.1906	383	0.1656	6655	7038	100
1.9525-1.99	0.1782	350	0.1606	6599	6949	100
1.99-2.0306	0.2018	351	0.157	6662	7013	100
2.0306-2.0748	0.1761	345	0.1572	6682	7027	100
2.0748-2.123	0.1841	334	0.1543	6655	6989	100
2.123-2.1761	0.1922	350	0.1507	6681	7031	100
2.1761-2.2349	0.1622	308	0.1431	6725	7033	100
2.2349-2.3007	0.1696	354	0.1446	6689	7043	100
2.3007-2.3749	0.162	375	0.1424	6629	7004	100
2.3749-2.4598	0.1909	344	0.1497	6647	6991	100
2.4598-2.5583	0.1699	339	0.1491	6710	7049	100
2.5583-2.6747	0.1722	360	0.154	6705	7065	100
2.6747-2.8156	0.1855	359	0.1564	6666	7025	100
2.8156-2.9919	0.1783	382	0.1488	6652	7034	100
2.9919-3.2228	0.1627	346	0.1366	6737	7083	100
3.2228-3.5469	0.1326	330	0.1222	6734	7064	100
3.5469-4.0595	0.1314	391	0.1145	6712	7103	100
4.0595-5.1121	0.1179	356	0.1039	6772	7128	100
5.1121-35.4382	0.1605	353	0.1482	6849	7202	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5895	0.4533	-0.1442	1.0641	-0.1414	0.0593	0.1664	-0.0886	0.1269	0.35	-0.2626	0.0977	-0.2911	-0.2368	-0.3259	0.2882	0.0642	0.0427	0.2891	-0.1008	0.1582	-16.4375	26.1807	36.3804
2	0.5083	0.3529	-0.0306	0.7786	0.0418	0.0465	0.0009	-0.3454	-0.0039	0.3859	-0.2449	0.1365	-0.0268	-0.5046	-0.325	0.2161	0.0259	0.0746	0.3836	-0.1141	0.1958	-19.6502	17.3253	35.2061
3	0.885	-0.0064	0.1155	0.2942	0.3749	0.8181	0.0004	-0.3707	0.0188	0.1342	-0.0218	-0.0087	-0.12	0.2995	-0.0026	0.1503	-0.0704	-0.0415	0.2622	-0.001	0.1493	13.9873	16.9679	31.4334
4	0.3657	0.131	-0.1329	0.1543	0.1963	1.2601	0.0175	-0.0725	0.0721	0.0376	-0.0314	0.0173	-0.3503	-0.1349	-0.0813	0.1478	0.0336	-0.0018	0.073	-0.0098	0.1228	-7.5207	25.1323	12.0049
5	0.336	0.0045	-0.0551	0.315	0.0544	1.1943	0.0171	0.0083	-0.0846	-0.0063	-0.0152	0.0154	0.1387	-0.1798	-0.0049	0.0865	-0.0167	-0.0013	0.0714	-0.0036	0.1142	-8.3417	5.6856	3.2318
6	0.4986	0.0593	0.068	0.2813	0.0846	1.096	0.0149	-0.0866	-0.0293	0.0557	-0.0204	0.0182	0.0307	-0.1462	-0.0149	0.073	-0.0122	0.0018	0.0835	0.0032	0.1051	-8.137	9.515	13.1564
7	0.657	-0.055	0.2198	0.4014	-0.0873	0.1204	0.0277	0.1009	0.0122	-0.164	0.0112	-0.0326	-0.1053	0.2645	0.0571	0.1849	-0.054	0.0394	0.192	0.0347	0.1337	-17.7973	-5.7913	35.0928
8	0.3927	-0.0932	-0.107	0.3514	-0.0741	0.0725	-0.0594	0.167	-0.1684	-0.2463	0.0274	-0.2811	0.0182	0.3136	-0.0361	0.1713	-0.0248	0.0358	0.2126	0.0066	0.1847	-14.7261	-14.6925	36.3855
9	0.8039	0.0112	0.1618	0.3137	-0.2414	0.5197	-0.0218	0.4447	-0.052	-0.1503	0.0092	-0.0454	0.0115	-0.1402	0.0048	0.1599	0.0078	-0.0208	0.2519	-0.0231	0.1391	-46.6389	-19.1029	33.0819
10	0.4272	-0.0518	0.0025	0.2685	-0.0369	1.2611	0.0195	0.039	0.007	-0.0241	0.0021	-0.005	-0.1278	0.0804	0.0546	0.0754	-0.0053	0.0038	0.0151	-0.0039	0.0988	-30.2696	-13.1697	61.8977
11	0.4184	-0.0275	0.0388	0.186	-0.0405	0.9771	0.0083	0.0644	-0.0463	-0.0454	-0.0068	-0.0192	0.063	0.1353	-0.006	0.0893	0.0108	0.0005	0.0695	-0.0061	0.1254	-27.2461	-22.2594	58.2343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 44 )	A	9 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 95 )	A	45 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 225 )	A	96 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 402 )	A	226 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 403 through 516 )	A	403 - 516
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 517 through 628 )	A	517 - 628
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 44 )	B	9 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 95 )	B	45 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 191 )	B	96 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 192 through 516 )	B	192 - 516
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 517 through 628 )	B	517 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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