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- PDB-3wa3: Crystal structure of copper amine oxidase from arthrobacter globi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wa3 | ||||||
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Title | Crystal structure of copper amine oxidase from arthrobacter globiformis in N2 condition | ||||||
![]() | Phenylethylamine oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / oxidase / copper binding / post-translationally derived quinone cofactor / cytoplassm | ||||||
Function / homology | ![]() primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: High-resolution crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis: assignment of bound diatomic molecules as O2 Authors: Murakawa, T. / Hayashi, H. / Sunami, T. / Kurihara, K. / Tamada, T. / Kuroki, R. / Suzuki, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 444.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wa2C ![]() 1iu7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 69009.836 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 9-629 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 9 types, 1757 molecules ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HDZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HDZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PGE / #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-PEG / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: microdialysis / pH: 6.8 Details: 1.05 M potassium tartrate, 25 mM HEPES, pH 6.8, MICRODIALYSIS, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 24, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 232158 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 4.479 / Net I/σ(I): 10.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1iu7 Resolution: 1.55→29.932 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.8234 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.06 Å2 / Biso mean: 22.5105 Å2 / Biso min: 8.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→29.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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