PDB-5zp9: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp9

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 283 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp9.cif.gz	513.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp9.ent.gz	417.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zp9_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zp9_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	5zp9_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	5zp9_validation.cif.gz	80.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cwv-d 5zpe-d 5zpc-d 5zpo-2 5zp4-1 5zp2-2 5zou-d 3x40-2 1iu7-d 1ui8-d 5zp1-2 5zpp-2 1avk-1 3x42-d 5zoy-2 5zps-1 5zoz-1 5zp3-2 5zoz-2 5zpg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.531, 64.276, 158.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1380- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 283 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 190856 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.689 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 782126

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	4.1	0.684	9549	0.799	0.389	0.789	1.031	100
1.73-1.76	4.1	0.612	9403	0.84	0.346	0.704	1.052	100
1.76-1.79	4.1	0.5	9541	0.888	0.283	0.576	1.074	100
1.79-1.83	4.1	0.429	9395	0.904	0.243	0.494	1.119	100
1.83-1.87	4.1	0.356	9526	0.932	0.201	0.409	1.142	100
1.87-1.91	4.1	0.294	9505	0.95	0.166	0.339	1.195	100
1.91-1.96	4.1	0.24	9514	0.969	0.135	0.276	1.254	100
1.96-2.02	4.1	0.203	9516	0.976	0.115	0.234	1.297	100
2.02-2.07	4.1	0.178	9548	0.98	0.1	0.204	1.361	100
2.07-2.14	4.1	0.162	9469	0.983	0.091	0.186	1.406	100
2.14-2.22	4.1	0.14	9533	0.985	0.078	0.161	1.489	100
2.22-2.31	4.2	0.128	9526	0.988	0.072	0.147	1.593	100
2.31-2.41	4.1	0.122	9492	0.988	0.069	0.14	1.741	100
2.41-2.54	4.1	0.121	9565	0.988	0.068	0.14	2.036	100
2.54-2.7	4.1	0.115	9549	0.989	0.065	0.132	2.43	100
2.7-2.91	4.1	0.1	9586	0.99	0.057	0.115	2.779	100
2.91-3.2	4	0.082	9555	0.993	0.047	0.095	3.051	100
3.2-3.66	4.1	0.057	9586	0.996	0.032	0.066	2.667	100
3.66-4.61	4	0.041	9680	0.998	0.023	0.048	2.236	99.9
4.61-50	3.9	0.034	9818	0.999	0.019	0.039	1.89	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.7→39.66 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1704	9547	5.01 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.1524	190659	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.22 Å² / B_iso mean: 24.6329 Å² / B_iso min: 8.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→39.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	4	1000	10740
B_iso mean	-	-	13.56	37.71	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	13848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.382	6004

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6997-1.719	0.2695	272	0.2518	5706	5978	95
1.719-1.7393	0.2644	295	0.2472	6026	6321	100
1.7393-1.7605	0.2718	315	0.2363	6040	6355	100
1.7605-1.7828	0.2681	328	0.2474	6010	6338	100
1.7828-1.8062	0.2727	342	0.2257	5960	6302	100
1.8062-1.831	0.2546	351	0.2201	5951	6302	100
1.831-1.8571	0.2393	325	0.2043	6088	6413	100
1.8571-1.8848	0.2136	316	0.1923	6028	6344	100
1.8848-1.9143	0.2193	328	0.1824	5961	6289	100
1.9143-1.9457	0.2114	319	0.175	6039	6358	100
1.9457-1.9792	0.194	304	0.1635	5997	6301	100
1.9792-2.0152	0.1943	330	0.1613	6075	6405	100
2.0152-2.054	0.175	293	0.1616	5997	6290	100
2.054-2.0959	0.1821	337	0.1602	6030	6367	100
2.0959-2.1415	0.169	320	0.1543	6042	6362	100
2.1415-2.1913	0.1498	315	0.1471	6032	6347	100
2.1913-2.2461	0.1735	308	0.1464	6059	6367	100
2.2461-2.3068	0.179	328	0.1473	6040	6368	100
2.3068-2.3747	0.1509	323	0.1438	6067	6390	100
2.3747-2.4513	0.18	314	0.154	6003	6317	100
2.4513-2.5389	0.1809	320	0.1566	6083	6403	100
2.5389-2.6405	0.1733	334	0.1546	6002	6336	100
2.6405-2.7607	0.1802	321	0.158	6086	6407	100
2.7607-2.9062	0.17	333	0.1539	6067	6400	100
2.9062-3.0882	0.1809	329	0.152	6048	6377	100
3.0882-3.3265	0.1711	331	0.1437	6061	6392	100
3.3265-3.6611	0.1369	297	0.1227	6104	6401	100
3.6611-4.1904	0.1173	325	0.1127	6126	6451	100
4.1904-5.2774	0.1145	289	0.1051	6164	6453	100
5.2774-39.6706	0.155	305	0.1509	6220	6525	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9842	0.4352	-1.05	3.0997	-0.0468	1.5502	0.0839	0.1824	0.032	-0.3897	-0.1651	-0.2163	-0.0733	0.3627	-0.0275	0.2204	0.0403	0.065	0.3018	0.076	0.1595	49.0538	5.3823	0.7326
2	1.367	-0.0228	0.1284	0.2786	-0.0881	0.3564	0.0191	0.5518	-0.068	-0.1895	-0.0324	-0.0182	0.027	-0.035	0.0111	0.2316	0.0513	-0.0043	0.3789	-0.0257	0.1707	24.2743	-3.9246	-2.1566
3	0.366	-0.0818	-0.0017	0.259	0.0088	0.8901	0.02	0.0887	0.0041	-0.0353	-0.0187	-0.0047	-0.0662	0.1095	-0.0005	0.1138	0.0017	-0.0024	0.1198	0.0044	0.1349	36.2728	-0.2323	25.2848
4	0.8025	-0.0599	-0.8907	3.4776	-0.1093	2.2792	0.0055	0.0019	0.0179	0.0243	-0.0296	0.1777	-0.0318	-0.308	-0.0257	0.1037	0.0224	0.0286	0.136	-0.0415	0.1376	11.4436	7.3912	69.5378
5	0.3605	0.019	-0.0273	0.1989	0.0334	0.869	0.0061	-0.024	0.0023	0.0322	-0.0023	0.0003	-0.0604	-0.0005	-0.0008	0.1171	-0.0008	-0.0037	0.0713	0.0053	0.1395	26.6394	-0.1158	51.1426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 628 )	A	192 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)