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Yorodumi- PDB-3x42: Crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3x42 | ||||||
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Title | Crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis in the presence of sodium bromide | ||||||
Components | Phenylethylamine oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Copper amine oxidase / topaquinone / TPQ | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / : / primary-amine oxidase / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter globiformis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.875 Å | ||||||
Authors | Okajima, T. / Nakanishi, S. / Murakawa, T. / Kataoka, M. / Hayashi, H. / Hamaguchi, A. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Tanizawa, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Probing the Catalytic Mechanism of Copper Amine Oxidase from Arthrobacter globiformis with Halide Ions. Authors: Murakawa, T. / Hamaguchi, A. / Nakanishi, S. / Kataoka, M. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Hayashi, H. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3x42.cif.gz | 546.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3x42.ent.gz | 447 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3x42.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/3x42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/3x42 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3x3xC 3x3yC 3x3zC 3x40C 3x41C 1iu7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 69009.836 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 9-628 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis (bacteria) / Plasmid: pEPO-2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): CD03 / References: UniProt: P46881, primary-amine oxidase |
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-Non-polymers , 6 types, 1221 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-BR / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / pH: 6.8 Details: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES (pH6.8), MICRODIALYSIS, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 0.919 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.875→100 Å / Num. obs: 267101 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IU7 Resolution: 1.875→24.738 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.875→24.738 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 29.9776 Å / Origin y: -0.8027 Å / Origin z: 34.5195 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |