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- PDB-3x40: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis: Product Schif... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3x40 | ||||||
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Title | Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis: Product Schiff-base form produced by anaerobic reduction in the presence of sodium chloride | ||||||
![]() | Phenylethylamine oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Copper amine oxidase / topaquinone / TPQ | ||||||
Function / homology | ![]() primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Okajima, T. / Nakanishi, S. / Murakawa, T. / Kataoka, M. / Hayashi, H. / Hamaguchi, A. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Tanizawa, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Probing the Catalytic Mechanism of Copper Amine Oxidase from Arthrobacter globiformis with Halide Ions. Authors: Murakawa, T. / Hamaguchi, A. / Nakanishi, S. / Kataoka, M. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Hayashi, H. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
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Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 457.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 476.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 88.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3x3xC ![]() 3x3yC ![]() 3x3zC ![]() 3x41C ![]() 3x42C ![]() 1iu7S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 69015.883 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 9-628 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1245 molecules ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / pH: 6.8 Details: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES (pH6.8), MICRODIALYSIS, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: Bruker DIP-6040 / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→26.528 Å / Num. obs: 142096 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.95 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 98.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1IU7 Resolution: 1.85→26.224 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.38 / Phase error: 27.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→26.224 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 18.4117 Å / Origin y: -47.6783 Å / Origin z: -35.0536 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |