PDB-5zp2: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp2

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 9 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.748 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp2.cif.gz	520.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp2.ent.gz	423.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zp2_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zp2_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	5zp2_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	5zp2_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ivv-d 5zoy-2 2yx9-d 2zl8-d 5zox-1 5zou-d 1wmn-d 1avl-1 1av4-1 5zp0-2 5zpk-1 5zph-d 1rjo-1 5zpn-1 5zpr-2 1iu7-d 5zpm-2 2cfd-d 5zp6-2 2e2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.765, 64.920, 158.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-985- HOH
2	1	A-1133- HOH
3	1	A-1268- HOH
4	1	B-1088- HOH
5	1	B-1232- HOH
6	1	B-1320- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 177629 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 3.472 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 731675

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	4	0.823	8771	0.689	0.468	0.95	0.984	100
1.78-1.81	4.1	0.724	8877	0.734	0.41	0.834	1.018	100
1.81-1.85	4.1	0.611	8836	0.789	0.345	0.704	1.045	100
1.85-1.89	4.1	0.534	8825	0.831	0.302	0.615	1.107	100
1.89-1.93	4.1	0.434	8838	0.881	0.244	0.499	1.178	100
1.93-1.97	4.1	0.365	8853	0.906	0.206	0.42	1.234	100
1.97-2.02	4.1	0.309	8814	0.933	0.174	0.356	1.358	100
2.02-2.07	4.1	0.274	8832	0.947	0.154	0.315	1.443	100
2.07-2.14	4.1	0.252	8831	0.947	0.141	0.289	1.508	100
2.14-2.2	4.1	0.216	8878	0.96	0.121	0.248	1.502	100
2.2-2.28	4.1	0.197	8846	0.963	0.11	0.226	1.794	100
2.28-2.38	4.1	0.181	8910	0.967	0.101	0.207	1.94	100
2.38-2.48	4.2	0.172	8847	0.969	0.096	0.198	2.133	100
2.48-2.61	4.2	0.161	8867	0.971	0.09	0.185	2.451	100
2.61-2.78	4.2	0.152	8899	0.968	0.085	0.175	3.325	100
2.78-2.99	4.1	0.132	8914	0.974	0.073	0.151	4.208	100
2.99-3.29	4.1	0.104	8897	0.976	0.058	0.12	5.58	100
3.29-3.77	4.1	0.071	8938	0.988	0.039	0.081	6.15	100
3.77-4.75	4.1	0.056	8989	0.992	0.031	0.064	8.981	100
4.75-50	3.9	0.057	9167	0.983	0.032	0.066	20.901	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.748→34.644 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1747	8893	5.01 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.1522	177500	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.748→34.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	17	1018	10773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10240
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	13999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.644	8274
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7482-1.768	0.316	297	0.2728	5349	X-RAY DIFFRACTION	96
1.768-1.7888	0.2635	300	0.2619	5614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7888-1.8107	0.2727	286	0.2491	5601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8107-1.8336	0.2832	269	0.2318	5592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8336-1.8577	0.275	258	0.2275	5694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8577-1.8831	0.2267	277	0.2135	5581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8831-1.91	0.2302	310	0.2069	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.9386	0.25	260	0.1947	5609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9386-1.9688	0.2028	301	0.1795	5627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9688-2.0011	0.2032	294	0.1708	5557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0011-2.0356	0.1963	292	0.1669	5605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0356-2.0726	0.1941	309	0.1693	5600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0726-2.1125	0.2085	293	0.1629	5626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1125-2.1556	0.1941	303	0.1542	5577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1556-2.2025	0.1643	295	0.1521	5637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2025-2.2537	0.202	333	0.1592	5578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2537-2.31	0.1849	291	0.1582	5621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.3725	0.1941	308	0.1534	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3725-2.4423	0.1886	299	0.1595	5614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4423-2.5211	0.1644	299	0.1575	5605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5211-2.6112	0.1884	284	0.1575	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6112-2.7157	0.2031	317	0.155	5621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7157-2.8392	0.1687	307	0.1564	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8392-2.9888	0.1876	293	0.1453	5635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9888-3.176	0.1616	301	0.1419	5617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.176-3.421	0.1409	329	0.128	5660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.421-3.7649	0.1357	290	0.117	5653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7649-4.3088	0.1254	275	0.1067	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3088-5.4253	0.1145	305	0.1075	5712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4253-34.6508	0.1722	318	0.154	5770	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.138	0.0079	-1.3376	4.9682	-0.3646	2.389	0.044	-0.0289	0.0484	0.1075	-0.0834	0.2215	-0.2078	-0.4197	0.0105	0.1645	0.0434	0.032	0.2153	-0.0688	0.1515	175.9621	24.1942	35.2488
2	0.42	0.0347	-0.1272	0.2759	-0.0274	1.463	0.0013	-0.0755	0.0199	0.0423	-0.0134	-0.003	-0.1025	-0.0095	0.0149	0.1196	-0.0001	-0.0094	0.0891	-0.004	0.1513	190.5289	16.9671	16.776
3	2.0055	-0.3441	0.6642	0.3802	-0.1096	1.5099	-0.0102	0.1225	0.1075	-0.008	-0.0283	-0.0163	-0.1649	0.0119	0.0487	0.1079	0.004	-0.0088	0.0847	-0.0099	0.1197	189.616	19.2515	4.5809
4	1.2913	-0.0143	-1.5223	5.2111	0.1464	2.5704	-0.0229	-0.0523	0.0031	-0.0825	-0.0042	-0.2453	-0.0794	0.3813	-0.0157	0.1064	-0.0199	0.0474	0.1604	0.0388	0.1479	177.5579	-7.7279	36.9314
5	0.3457	-0.0315	-0.203	0.2428	0.0085	1.1431	0.0169	0.0503	0.0018	-0.0395	-0.0007	-0.0049	-0.0678	0.0093	-0.0064	0.1189	0.0028	-0.0061	0.0813	0.0002	0.1519	161.7261	-14.7039	55.0962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 581 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 582 through 628 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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