PDB-5zpk: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpk

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 6 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpk.cif.gz	518.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpk.ent.gz	422.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5zpk_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpk_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	5zpk_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	5zpk_validation.cif.gz	79.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yx9-d 5zpr-2 5zp5-1 1rjo-1 5zp1-1 5zp2-1 1avl-1 2cfl-1 1ivu-d 1wmn-d 1sih-1 1iqy-d 5zpo-1 3x3z-d 2bt3-1 5zpm-2 1ivv-d 2e2v-d 5zpf-d 2cfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.731, 63.767, 158.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1168- HOH
2	1	B-1094- HOH
3	1	B-1221- HOH
4	1	B-1269- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 69015.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 206892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.447 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 769534

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	3.7	0.765	10352	0.847	0.467	0.899	0.874	100
1.68-1.71	3.7	0.672	10238	0.876	0.407	0.788	0.905	100
1.71-1.74	3.7	0.587	10310	0.901	0.355	0.687	0.914	100
1.74-1.78	3.7	0.499	10294	0.928	0.301	0.584	0.923	100
1.78-1.82	3.7	0.416	10283	0.947	0.251	0.487	0.982	100
1.82-1.86	3.7	0.352	10278	0.959	0.212	0.412	0.999	100
1.86-1.9	3.7	0.285	10281	0.972	0.172	0.334	1.055	100
1.9-1.96	3.8	0.231	10304	0.981	0.139	0.27	1.095	100
1.96-2.01	3.8	0.187	10311	0.986	0.113	0.219	1.149	100
2.01-2.08	3.8	0.165	10313	0.989	0.099	0.193	1.189	100
2.08-2.15	3.8	0.148	10301	0.991	0.089	0.173	1.225	100
2.15-2.24	3.8	0.128	10334	0.992	0.077	0.15	1.295	100
2.24-2.34	3.8	0.119	10361	0.993	0.071	0.139	1.417	100
2.34-2.46	3.8	0.119	10331	0.992	0.072	0.139	1.649	100
2.46-2.62	3.7	0.117	10336	0.991	0.071	0.137	1.95	100
2.62-2.82	3.7	0.101	10403	0.993	0.062	0.119	2.129	100
2.82-3.11	3.6	0.085	10340	0.993	0.053	0.101	2.381	100
3.11-3.55	3.7	0.064	10410	0.996	0.039	0.075	2.427	100
3.55-4.48	3.7	0.039	10442	0.998	0.024	0.046	2.143	99.8
4.48-50	3.5	0.03	10670	0.998	0.019	0.036	2.334	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.65→36.634 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	10270	4.98 %
R_work	0.1946	-	-
obs	0.1957	206392	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9754	0	5	930	10689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	13916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.812	8247
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6495-1.6683	0.326	359	0.3228	6384	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6683-1.6879	0.3243	350	0.3093	6527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6879-1.7085	0.3375	357	0.3023	6481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7085-1.7301	0.302	338	0.2904	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7301-1.7529	0.2886	351	0.2835	6513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7529-1.7769	0.3016	308	0.2679	6597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7769-1.8023	0.2988	347	0.2606	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8023-1.8292	0.2873	340	0.2536	6507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8292-1.8578	0.276	334	0.2445	6546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8578-1.8882	0.284	358	0.2375	6510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8882-1.9208	0.2758	332	0.2221	6543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9557	0.2404	320	0.2169	6524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9557-1.9933	0.218	319	0.2016	6620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9933-2.034	0.229	366	0.2017	6457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.034-2.0782	0.2355	345	0.2019	6530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0782-2.1266	0.223	310	0.2007	6586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1266-2.1797	0.1923	319	0.1902	6533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1797-2.2387	0.21	352	0.1946	6548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2387-2.3045	0.2187	350	0.1943	6558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.3789	0.1986	317	0.1894	6554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3789-2.4639	0.2236	370	0.1929	6544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4639-2.5625	0.2215	327	0.1955	6580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5625-2.6791	0.2075	346	0.1959	6558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6791-2.8203	0.2105	349	0.1933	6580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8203-2.997	0.2099	352	0.1881	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.2282	0.197	372	0.1751	6557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2282-3.5529	0.1765	354	0.1581	6572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5529-4.0664	0.1682	344	0.1489	6621	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0664-5.121	0.1508	336	0.1352	6638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.121-36.6435	0.1872	348	0.1726	6408	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1106	0.0461	-0.1659	0.3008	0.1405	0.3995	0.1462	-0.1257	-0.0015	0.2452	-0.1607	0.0407	-0.1586	-0.2227	0.0992	0.2686	-0.1388	0.0556	0.4155	-0.0915	0.1048	-17.279	26.0312	36.2119
2	0.959	0.8289	-0.8422	1.7751	-0.0832	1.1293	0.106	-0.0998	-0.0835	0.2248	-0.1237	0.2058	-0.0386	-0.2907	-0.0836	0.2067	-0.2566	0.0726	0.367	-0.0838	0.1792	-20.4127	17.3254	34.6356
3	1.322	0.2023	-0.2945	0.2762	-0.0023	0.0853	0.1591	-0.501	-0.1628	0.1468	-0.0971	-0.0183	0.1091	0.0643	-0.0362	0.2551	-0.2174	-0.0643	0.3909	0.0601	0.2045	11.5192	12.8806	37.4678
4	0.4215	-0.0377	-0.061	0.3637	-0.0331	0.8439	0.1694	-0.1416	-0.1103	0.0167	-0.1211	0.0038	-0.044	-0.0907	0.0463	0.2085	-0.0527	0.004	0.0234	-0.0099	0.1594	-5.3829	18.7343	9.0459
5	0.6076	0.055	-0.0084	0.2674	0.1747	0.4619	0.176	-0.1597	-0.1131	0.047	-0.1549	0.0094	0.1354	-0.1134	-0.0149	0.1422	-0.0937	-0.0331	0.3025	-0.0096	0.182	-8.3136	9.7861	12.7172
6	0.8539	0.1462	-0.2353	0.8393	-0.6037	0.5369	-0.0345	0.2044	0.1057	-0.1901	-0.0116	-0.1014	-0.0443	0.1282	-0.065	0.3152	-0.1386	0.0153	0.3116	0.071	0.231	-18.6589	-5.8633	34.7723
7	1.8164	-0.199	-1.1346	2.7594	-0.8373	1.0458	-0.1326	0.2117	-0.0666	-0.2491	-0.0813	-0.4089	-0.1858	0.3177	0.0178	0.2365	-0.111	0.0487	0.3315	0.0333	0.2332	-15.4038	-14.5289	36.1946
8	1.0554	-0.0467	0.3996	0.2052	-0.1296	0.4496	-0.1045	0.5016	0.0379	-0.1985	0.1071	-0.0421	-0.0459	-0.0116	0.0188	0.1985	-0.0834	-0.0246	0.3604	-0.0188	0.1405	-47.4218	-19.0928	33.3311
9	0.2723	-0.0722	0.1223	0.183	0.0437	0.7236	-0.1364	0.0474	0.3291	-0.0022	0.0806	0.0217	-0.4233	0.0756	0.0449	0.1564	-0.1166	-0.0617	0.2576	0.0145	0.2275	-31.098	-4.1051	59.1549
10	0.5685	-0.0742	0.1517	0.2559	0.0257	0.8353	-0.0811	0.0163	0.0936	-0.0311	0.0827	-0.0065	-0.107	0.0908	0.0374	0.0786	-0.0448	-0.0124	0.2038	-0.001	0.1036	-29.9288	-16.287	62.8049
11	0.4531	-0.0124	0.1262	0.2116	-0.0672	0.4227	-0.085	0.1096	0.0739	-0.0241	0.0349	-0.0254	-0.078	0.1824	-0.0534	0.1471	-0.0346	0.004	-0.0234	-0.0453	0.0965	-27.5273	-22.0504	58.1847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 191 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 192 through 516 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 517 through 628 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 96 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 192 through 277 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 278 through 516 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 517 through 628 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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