PDB-5zoy: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zoy

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 7 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.695 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zoy.cif.gz	517.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zoy.ent.gz	419 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zoy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zoy_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zoy_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	5zoy_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	5zoy_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cwt-d 5zp5-2 5zpj-2 5zpm-1 5zpl-1 5zow-d 1wmp-d 5zp4-1 5zpc-d 2cg0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.637, 64.788, 158.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1375- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 193440 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 3.617 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 802244

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	4	0.732	9579	0.739	0.418	0.846	0.956	99.8
1.73-1.76	4.1	0.661	9665	0.789	0.372	0.76	0.979	100
1.76-1.79	4.1	0.545	9587	0.846	0.305	0.626	1.013	100
1.79-1.83	4.2	0.465	9586	0.881	0.26	0.534	1.035	100
1.83-1.87	4.2	0.392	9614	0.905	0.219	0.45	1.09	100
1.87-1.91	4.2	0.325	9667	0.935	0.182	0.373	1.169	100
1.91-1.96	4.2	0.267	9666	0.951	0.149	0.307	1.216	100
1.96-2.02	4.2	0.22	9593	0.964	0.123	0.253	1.329	100
2.02-2.07	4.2	0.196	9614	0.972	0.109	0.225	1.405	100
2.07-2.14	4.2	0.18	9657	0.973	0.1	0.206	1.464	100
2.14-2.22	4.2	0.155	9655	0.979	0.086	0.178	1.605	100
2.22-2.31	4.2	0.14	9642	0.982	0.078	0.16	1.739	100
2.31-2.41	4.2	0.133	9692	0.979	0.074	0.152	2.101	100
2.41-2.54	4.2	0.133	9630	0.981	0.074	0.153	2.452	100
2.54-2.7	4.2	0.134	9711	0.977	0.074	0.154	3.523	100
2.7-2.91	4.2	0.125	9667	0.978	0.069	0.143	4.724	100
2.91-3.2	4.2	0.102	9744	0.983	0.057	0.117	5.49	100
3.2-3.66	4.2	0.068	9719	0.988	0.038	0.078	7.645	100
3.66-4.61	4.1	0.048	9780	0.994	0.027	0.056	9.252	100
4.61-50	4	0.051	9972	0.99	0.029	0.058	22.53	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.695→39.686 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1734	9573	4.95 %
R_work	0.1511	183707	-
obs	0.1522	193280	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 176.58 Å² / B_iso mean: 24.6705 Å² / B_iso min: 7.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.695→39.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	13	1009	10760
B_iso mean	-	-	38.18	38.41	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	13900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.202	8236

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6952-1.7145	0.3383	286	0.3088	5157	5443	84
1.7145-1.7347	0.3157	313	0.2817	6131	6444	100
1.7347-1.7558	0.287	272	0.2653	6163	6435	100
1.7558-1.778	0.2901	315	0.2504	6075	6390	100
1.778-1.8014	0.2531	323	0.2315	6186	6509	100
1.8014-1.8261	0.2458	307	0.213	6148	6455	100
1.8261-1.8522	0.2237	339	0.2024	6123	6462	100
1.8522-1.8799	0.2083	292	0.1916	6082	6374	100
1.8799-1.9092	0.2126	363	0.1811	6141	6504	100
1.9092-1.9405	0.1851	306	0.1686	6119	6425	100
1.9405-1.974	0.1875	334	0.1646	6120	6454	100
1.974-2.0099	0.1852	312	0.16	6144	6456	100
2.0099-2.0485	0.2006	337	0.1626	6105	6442	100
2.0485-2.0904	0.1892	315	0.1606	6185	6500	100
2.0904-2.1358	0.1892	282	0.1546	6119	6401	100
2.1358-2.1855	0.1843	329	0.1499	6144	6473	100
2.1855-2.2401	0.1738	319	0.1476	6155	6474	100
2.2401-2.3007	0.165	323	0.1501	6156	6479	100
2.3007-2.3684	0.1935	302	0.1503	6152	6454	100
2.3684-2.4448	0.1913	348	0.1554	6127	6475	100
2.4448-2.5322	0.171	316	0.1527	6157	6473	100
2.5322-2.6336	0.184	322	0.1568	6159	6481	100
2.6336-2.7534	0.1699	316	0.1501	6168	6484	100
2.7534-2.8985	0.1958	318	0.1511	6191	6509	100
2.8985-3.08	0.1646	318	0.1444	6202	6520	100
3.08-3.3177	0.1626	303	0.1371	6169	6472	100
3.3177-3.6514	0.1435	352	0.1192	6223	6575	100
3.6514-4.1793	0.131	326	0.1098	6168	6494	100
4.1793-5.2635	0.1216	329	0.1065	6255	6584	100
5.2635-39.697	0.1449	356	0.1512	6283	6639	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.464	-0.2833	-1.0723	4.3047	0.1729	1.6781	0.0447	-0.0418	0.0294	0.1502	-0.1474	0.2244	-0.2048	-0.4205	0.0462	0.1637	0.0573	0.0369	0.2361	-0.0781	0.1331	175.5985	24.1912	34.8699
2	0.4554	0.0345	-0.0876	0.2615	0.011	1.4418	0.0066	-0.0889	0.0194	0.0415	-0.0163	-0.0041	-0.1074	-0.0306	0.0098	0.1071	-0.0023	-0.011	0.0809	-0.0028	0.1296	190.5907	17.1178	17.042
3	2.268	-0.4528	0.757	0.3388	-0.1005	1.3457	-0.0209	0.0878	0.0824	0.0105	-0.03	-0.0088	-0.1499	0.0015	0.0476	0.0914	-0.0033	-0.0064	0.0658	-0.0131	0.1012	189.4863	19.298	4.5916
4	1.4047	0.031	-1.288	4.7837	0.0839	2.3576	-0.0019	-0.0116	-0.0262	-0.0639	0.0087	-0.2511	-0.0873	0.3966	-0.0034	0.0933	-0.0291	0.0523	0.1625	0.0346	0.1323	177.3175	-7.729	36.923
5	5.8234	2.7875	1.1253	1.49	0.8142	1.1182	-0.0922	0.3586	0.3333	-0.0836	0.0587	-0.1066	-0.0731	0.0502	0.036	0.1862	0.0072	0.0412	0.1557	0.0173	0.0935	167.7154	-14.344	32.3975
6	0.3728	-0.0328	-0.1176	0.2143	-0.0166	1.086	0.0112	0.0527	-0.0072	-0.0315	0.0044	-0.0019	-0.0581	0.0258	-0.0067	0.1005	0.0025	-0.0059	0.0643	-0.0005	0.1282	161.0603	-14.7046	56.8399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 581 )	A	73 - 581
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 582 through 628 )	A	582 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 114 )	B	73 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 115 through 628 )	B	115 - 628

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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