PDB-5zoz: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zoz

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 8 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	0294	日本
Japan Society for the Promotion of Science	17K07317	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP26440037	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP23770127	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP15K05573	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP16KT0055	日本

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zoz.cif.gz	519.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zoz.ent.gz	420.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zoz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zoz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zpl-2 1avk-1 5zou-d 5zp0-1 5zpp-2 5zp2-2 5zpc-d 1ui8-d 5zpl-1 5zp6-2 5zp9-d 5zp4-1 3x42-d 5zpn-1 5zoy-2 5zpq-2 1iu7-d 3x40-2 1wmp-d 1iqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.824, 65.018, 159.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1083- HOH
2	1	B-1209- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 191821 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 3.539 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 806441

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	4.2	0.769	9473	0.784	0.425	0.881	0.993	99.3
1.73-1.76	4.2	0.653	9495	0.825	0.359	0.746	1.028	99.3
1.76-1.79	4.2	0.535	9468	0.87	0.295	0.612	1.046	99.5
1.79-1.83	4.2	0.441	9527	0.898	0.243	0.504	1.092	99.5
1.83-1.87	4.2	0.377	9512	0.918	0.208	0.432	1.144	99.5
1.87-1.91	4.2	0.309	9574	0.946	0.171	0.354	1.2	99.6
1.91-1.96	4.2	0.253	9556	0.959	0.14	0.29	1.258	99.7
1.96-2.02	4.2	0.21	9523	0.967	0.117	0.241	1.346	99.8
2.02-2.07	4.2	0.181	9560	0.977	0.1	0.207	1.346	99.8
2.07-2.14	4.2	0.168	9584	0.971	0.093	0.193	1.52	99.8
2.14-2.22	4.2	0.144	9580	0.98	0.08	0.166	1.592	99.9
2.22-2.31	4.2	0.129	9573	0.984	0.072	0.148	1.711	100
2.31-2.41	4.2	0.12	9614	0.984	0.066	0.137	1.913	100
2.41-2.54	4.2	0.119	9606	0.983	0.066	0.137	2.32	100
2.54-2.7	4.2	0.118	9633	0.983	0.065	0.135	2.933	100
2.7-2.91	4.2	0.109	9608	0.981	0.06	0.125	4.47	100
2.91-3.2	4.2	0.088	9663	0.988	0.049	0.101	4.6	100
3.2-3.66	4.2	0.061	9667	0.991	0.034	0.07	5.763	100
3.66-4.61	4.2	0.053	9719	0.991	0.029	0.061	10.824	99.9
4.61-50	4	0.055	9886	0.985	0.031	0.063	23.422	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.702→39.7 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1692	9594	5.01 %
R_work	0.1491	182065	-
obs	0.1501	191659	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.99 Å² / B_iso mean: 24.6064 Å² / B_iso min: 7.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.702→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	17	997	10752
B_iso mean	-	-	28.67	38.16	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	13935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.253	8253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7019-1.7212	0.3195	290	0.2914	5203	5493	87
1.7212-1.7415	0.2658	282	0.2619	6061	6343	99
1.7415-1.7627	0.2694	347	0.2481	6105	6452	99
1.7627-1.785	0.2649	292	0.2325	5998	6290	99
1.785-1.8085	0.2381	309	0.2137	6070	6379	99
1.8085-1.8333	0.2062	312	0.1964	6041	6353	100
1.8333-1.8595	0.2251	321	0.196	6098	6419	100
1.8595-1.8872	0.2185	305	0.1857	6062	6367	100
1.8872-1.9167	0.1943	315	0.1781	6048	6363	99
1.9167-1.9482	0.1935	318	0.1707	6011	6329	100
1.9482-1.9818	0.2002	302	0.1629	6109	6411	100
1.9818-2.0178	0.1932	355	0.1629	6091	6446	100
2.0178-2.0566	0.1879	334	0.1632	6007	6341	100
2.0566-2.0986	0.1799	309	0.1563	6122	6431	100
2.0986-2.1442	0.1969	327	0.152	6083	6410	100
2.1442-2.1941	0.1722	335	0.1479	6053	6388	100
2.1941-2.2489	0.1622	323	0.1493	6142	6465	100
2.2489-2.3097	0.1698	332	0.1508	6074	6406	100
2.3097-2.3777	0.1778	318	0.1514	6131	6449	100
2.3777-2.4544	0.1756	339	0.1536	6063	6402	100
2.4544-2.5421	0.1835	324	0.1542	6102	6426	100
2.5421-2.6439	0.1788	348	0.1505	6107	6455	100
2.6439-2.7642	0.1655	309	0.1495	6113	6422	100
2.7642-2.9099	0.1523	318	0.1501	6137	6455	100
2.9099-3.0921	0.1756	303	0.1411	6175	6478	100
3.0921-3.3308	0.1487	301	0.1368	6138	6439	100
3.3308-3.6658	0.1326	344	0.1166	6146	6490	100
3.6658-4.1957	0.1333	347	0.1107	6123	6470	100
4.1957-5.2842	0.1178	323	0.1078	6185	6508	99
5.2842-39.7106	0.1662	312	0.1508	6267	6579	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4388	0.0441	-0.1636	0.2762	-0.0154	1.5851	-0.0013	-0.0662	0.0179	0.0423	-0.0112	0.0001	-0.1134	-0.0181	0.0161	0.1014	0.0008	-0.011	0.0685	-0.005	0.1315	190.656	17.184	15.8574
2	1.2733	0.0184	-1.3526	4.6836	-0.0777	2.4283	-0.012	-0.0008	-0.0111	-0.0941	0.0201	-0.2213	-0.1078	0.3688	-0.0165	0.0954	-0.0239	0.052	0.1506	0.0285	0.1292	177.6475	-7.7784	36.9439
3	0.3348	-0.0356	-0.205	0.2494	-0.0159	1.1771	0.0137	0.0421	-0.0015	-0.0416	-0.0002	-0.0041	-0.0714	0.0054	-0.0033	0.1037	0.0028	-0.0062	0.0703	-0.0021	0.1309	161.7018	-14.8161	55.1034
4	1.2961	-0.3034	-1.1801	4.4766	-0.1257	1.8411	0.0415	-0.0286	0.0144	0.1201	-0.0788	0.2298	-0.213	-0.4098	0.0138	0.1571	0.0514	0.0375	0.1956	-0.0588	0.1363	175.8484	24.1098	34.9134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 73 through 628 )	A	73 - 628
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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