PDB-4f3y: X-Ray Crystal Structure of Dihydrodipicolinate reductase from Bur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f3y

タイトル

X-Ray Crystal Structure of Dihydrodipicolinate reductase from Burkholderia thailandensis

要素

Dihydrodipicolinate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Dihydrodipicolinate reductase / NAD/NADH

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f3y.cif.gz	215.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f3y.ent.gz	172.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1arzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	30449 7crb-d 4h02-3 2i26-d 4r6u-d 3w5m-d 5i16-d 4hfk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: butha.00820.a.A1 TargetTrack: butha.00820.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate reductase

B: Dihydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrodipicolinate reductase

B: Dihydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate reductase

B: Dihydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.740, 158.370, 70.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- HOH
2	1	A-489- HOH

詳細

UNKNOWN

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate reductase / DHPR 分子量: 28545.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I1208, dapB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SZ94, EC: 1.3.1.26
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.06M Magnesium chloride, 0.06M Calcium chloride, 0.10M Imidazole, 0.10M MES, 30% PEG550MME, 30% PEG20,000, ButhA.00820.a PW.33405 28.89mg/ml, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月1日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 34301 / Num. obs: 33386 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.431 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.81

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	0.357	6.01	15393	2401	1	95.3
2.15-2.21	0.469	5.07	16833	2277	1	92
2.21-2.28	0.224	11.47	17259	2321	1	96.2
2.28-2.35	0.27	8.52	16181	2155	1	92.4
2.35-2.42	0.203	10.92	16499	2183	1	98.2
2.42-2.51	0.167	12.99	16324	2157	1	98.4
2.51-2.6	0.153	13.64	15805	2081	1	98.5
2.6-2.71	0.138	15.32	15008	1979	1	98.3
2.71-2.83	0.101	19.66	14674	1928	1	99
2.83-2.97	0.083	22.37	14046	1847	1	98.9
2.97-3.13	0.067	27.1	13340	1747	1	98.9
3.13-3.32	0.048	35.55	12682	1663	1	98.8
3.32-3.55	0.039	42.94	11796	1547	1	99.1
3.55-3.83	0.036	51.51	11034	1463	1	99.1
3.83-4.2	0.03	56.76	10193	1339	1	99
4.2-4.7	0.027	64.47	9303	1223	1	98.7
4.7-5.42	0.028	60.93	8244	1077	1	98.8
5.42-6.64	0.031	55.06	6898	901	1	98.8
6.64-9.39	0.023	69.98	5296	701	1	98.7
9.39-50	0.021	84.28	2858	396	1	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ARZ

1arz

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.66 / SU ML: 0.133 / Isotropic thermal model: Isotropic/TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2375	1688	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1898	-	-	-
all	0.1922	34301	-	-
obs	0.1922	33385	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.25 Å² / B_iso mean: 32.053 Å² / B_iso min: 8.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0 Å²	1.87 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3868	0	15	265	4148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.958	5387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.611	5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.562	22.901	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.228	15	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.393	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3010

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	136	-
R_work	0.207	2241	-
all	-	2377	-
obs	-	2401	95.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4954	-0.3132	-0.2704	4.6217	-3.1082	4.6872	-0.0249	-0.0323	-0.1061	0.1016	0.3831	0.7487	0.1753	-0.42	-0.3582	0.0699	-0.0274	0.072	0.0524	0.0325	0.1723	-50.9165	-39.5456	17.801
2	2.4268	-0.0534	-0.1959	5.2274	-2.5346	2.8132	-0.0077	-0.0444	-0.1583	0.2991	-0.2577	-0.4061	0.0346	0.226	0.2654	0.1039	0.0115	0.001	0.0616	0.0225	0.0507	-37.2129	-37.5641	16.4052
3	0.9325	0.3774	-0.5081	2.4636	0.044	1.4926	0.0115	-0.1389	0.0296	-0.1659	-0.0156	-0.5936	0.0748	0.4259	0.0041	0.0431	0.0364	0.041	0.134	0.0133	0.1885	-40.4888	-8.2806	23.7336
4	0.8635	0.353	-0.8134	2.8079	-0.0716	1.3682	0.0447	-0.1781	-0.0241	0.0584	-0.0391	-0.5357	0.0348	0.3245	-0.0056	0.0157	0.0032	-0.0029	0.1007	-0.017	0.1367	-44.6336	-3.757	29.6911
5	2.4971	-1.2123	-3.2311	3.9749	-1.296	7.45	0.2238	0.0023	0.1833	-0.0978	-0.0857	0.1344	-0.2824	0.1405	-0.1381	0.067	0.0025	0.0212	0.0158	0.0158	0.1244	-41.1886	-25.0503	10.4094
6	3.4406	-1.3355	-1.4038	5.3343	0.5899	4.2437	-0.1401	-0.0253	0.2077	0.2691	0.2033	0.2967	-0.015	-0.1935	-0.0632	0.0801	0.0177	0.0528	0.02	0.0188	0.1225	-48.1818	29.1167	18.9392
7	2.3982	1.0689	-1.3421	4.3454	1.81	4.5794	0.2308	-0.0352	0.6323	0.038	0.0637	0.2795	-0.6786	-0.0165	-0.2945	0.1462	0.0251	0.0771	0.0381	0.0374	0.2626	-46.6361	35.2614	17.4164
8	4.5261	-0.9373	-2.3196	6.3959	1.0626	5.2943	-0.0886	0.8039	-0.0083	-1.0178	0.1352	0.9116	0.1723	-1.1356	-0.0467	0.2471	-0.0564	-0.1279	0.3476	0.111	0.1931	-51.1419	24.8611	3.1327
9	0.7286	-0.0707	-0.4575	2.4756	0.3948	1.5124	0.0703	0.2353	0.1053	-0.5418	-0.0065	0.0939	-0.0985	-0.1989	-0.0638	0.1264	0.0168	-0.0145	0.0791	0.0366	0.0333	-59.856	-3.8266	12.0865
10	6.5328	1.8353	-4.3471	3.4936	-2.384	4.5633	-0.4438	0.3674	-0.2427	-0.401	0.1944	0.0623	0.6778	-0.2773	0.2494	0.2046	-0.0576	0.0674	0.0322	-0.0177	0.0472	-44.1682	15.0403	8.091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	125 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	185 - 236
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	237 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	46 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	72 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	126 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	237 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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