PDB-5i16: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV1-69/IGKV3-11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i16

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV1-69/IGKV3-11

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i16.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i16.ent.gz	144.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i16_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i16_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	5i16_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	5i16_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i17C 5i18SC 5i19SC 5i1aC 5i1cC 5i1dC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC 5i1lC 4kmt C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u6m-d 6pyd-2 5tgb-2 3eyq-d 4hie-d 1rz7-d 3hc4-d 4xcn-4 1f4x-d 6dwi-2 5jqd-2 1mfd-d 5i30-d 2v7n-3 4hih-2 5i8e-1 5ds8-1 6amm-d 4jfy-1 6dwi-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

A: FAB LIGHT CHAIN

B: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

95.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FAB LIGHT CHAIN

B: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.010, 55.050, 80.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23421.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24171.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71932 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I18,5I19

5i18

5i19

解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22156	1439	2 %	RANDOM
R_work	0.19223	-	-	-
obs	0.19279	70346	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.43 Å²	-0 Å²	0.11 Å²
2-	-	1.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6425	0	42	472	6939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.106	1.962	9078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.724	5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.263	24.365	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13	15	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.218	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.422	4.297	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.053	4.804	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.672	4.689	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.318	96.382	10173
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	134	-
R_work	0.257	4982	-
obs	-	-	97.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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