PDB-5i1l: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV5-51/IGKV4-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1l

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV5-51/IGKV4-1

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1l.cif.gz	351.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1l.ent.gz	287.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i1l_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i1l_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	5i1l_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	5i1l_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1aC 5i1cC 5i1dC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o3j-1 5mo3-d 1yeh-d 6o3g-4 4xc3-d 5wna-1 1u91-d 6qna-2 3mob-d 5dr5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

A: FAB LIGHT CHAIN

B: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

97.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FAB LIGHT CHAIN

B: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.970, 37.960, 112.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 24229.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24544.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% PEG 3K, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRIS PH 8.5 PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→28 Å / Num. obs: 61554 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 10.4 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.175

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25807	1246	2 %	RANDOM
R_work	0.19353	-	-	-
obs	0.19485	60181	92.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.912 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	-0.76 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6700	0	12	445	7157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.954	9403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.302	5	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.618	24.794	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.563	15	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.042	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.001	2	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.202	4	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.71	88	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.195	88	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	63	-
R_work	0.243	3125	-
obs	-	-	67.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0363	-0.6104	0.1928	1.0989	0.4397	1.2954	0.0491	0.1251	-0.0207	-0.1075	-0.0329	0.0887	-0.0743	0.1895	-0.0163	0.0735	-0.0443	-0.0063	0.1073	-0.0084	0.0528	77.1151	4.4501	65.1011
2	1.3801	-0.7507	0.4526	0.9858	0.0544	2.9506	-0.0171	0.0263	0.02	-0.0737	0.0027	0.1265	-0.0038	-0.0502	0.0143	0.1041	-0.0274	0.0161	0.0223	-0.0301	0.102	54.2203	3.0465	37.4612
3	3.7724	1.7458	0.9717	1.7625	0.4719	1.7522	-0.1742	0.1379	0.455	-0.0193	0.0148	0.2075	-0.1633	0.0761	0.1593	0.144	0.0095	-0.0232	0.0129	0.0145	0.1809	30.9975	12.4519	10.9204
4	0.9281	-0.1599	0.1511	0.7364	-0.5529	2.3389	-0.0228	-0.0075	-0.1533	0.0643	-0.0842	-0.0213	0.0894	0.0705	0.107	0.076	-0.04	0.0075	0.1142	-0.0053	0.1258	15.5257	-2.5098	-16.9094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	2	L	114 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	H	120 - 225
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	120 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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