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万見
- PDB-2v7n: Unusual twinning in crystals of the CitS binding antibody Fab fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7n
タイトルUnusual twinning in crystals of the CitS binding antibody Fab fragment f3p4
要素
  • IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
  • IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / BINDING PROTEIN / RECOMBINANT FAB FRAGMENT / SYNTHETIC ANTIBODY LIBRARY (HUCAL) / PHAGE DISPLAY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Frey, D. / Huber, T. / Plueckthun, A. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of the Recombinant Antibody Fab Fragment F3P4.
著者: Frey, D. / Huber, T. / Plueckthun, A. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
C: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
E: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
F: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
G: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
H: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,7018
ポリマ－191,7018
非ポリマー00
水9,728540
1
A: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9252
ポリマ－47,9252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-23.4 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
C: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9252
ポリマ－47,9252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-25.2 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
3
E: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
F: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9252
ポリマ－47,9252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-25.2 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
4
G: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
H: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9252
ポリマ－47,9252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.790, 185.920, 102.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体
IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN / VK3


分子量: 23382.799 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB FRAGMENT, RESIDUES 1-255 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SYNTHETIC GENE, DERIVED FROM PHAGE DISPLAY OF THE HUMAN COMBINATORIAL ANTIBODY LIBRARY (HUCAL)
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PMX9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SB356
#2: 抗体
IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN / FRAGMENT VH3 C1


分子量: 24542.365 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB FRAGMENT, RESIDUES 1-259 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SYNTHETIC GENE, DERIVED FROM PHAGE DISPLAY OF THE HUMAN COMBINATORIAL ANTIBODY LIBRARY (HUCAL)
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PMX9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SB356
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細C-TERMINAL HISTIDINE TAG AT HEAVY CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 23% PEG4000, 50 MM LI2SO4, 50 MM NA2SO4, 50 MM N-(2ACETAMIDO) IMINODIACETIC ACID (ADA), PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月16日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31 Å / Num. obs: 151552 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→15 Å / Num. parameters: 53672 / Num. restraintsaints: 100475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 4240 3 %RANDOM
all0.1553 143072 --
obs0.1552 -95.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 13417
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12877 0 0 540 13417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0287
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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