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- PDB-6amj: CAT192 Fab Wild Type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6amj
タイトルCAT192 Fab Wild Type
要素
  • CAT192 Fab heavy chain
  • CAT192 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / TGF-Beta / protein engineering / antibody engineering
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Lord, D.M. / Wei, R.R.
引用ジャーナル: MAbs / : 2018
タイトル: Structure-based engineering to restore high affinity binding of an isoform-selective anti-TGF beta 1 antibody.
著者: Lord, D.M. / Bird, J.J. / Honey, D.M. / Best, A. / Park, A. / Wei, R.R. / Qiu, H.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CAT192 Fab light chain
A: CAT192 Fab light chain
H: CAT192 Fab heavy chain
B: CAT192 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6496
ポリマ-95,5204
非ポリマー1292
5,567309
1
L: CAT192 Fab light chain
H: CAT192 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8894
ポリマ-47,7602
非ポリマー1292
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
A: CAT192 Fab light chain
B: CAT192 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7602
ポリマ-47,7602
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.950, 83.350, 104.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 CAT192 Fab light chain


分子量: 23167.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CAT192 Fab heavy chain


分子量: 24592.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG 8K, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.0, 0.2M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→30.713 Å / Num. obs: 32712 / Biso Wilson estimate: 35.55 Å2
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4715 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
CrystalClearデータ収集
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GSZ, 3SKJ
解像度: 2.49→30.713 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 1992 6.09 %
Rwork0.2057 30720 -
obs0.209 32712 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.34 Å2 / Biso mean: 45.2615 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→30.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6336 0 18 309 6663
Biso mean--48.31 33.74 -
残基数----837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4738826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6213872
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.55230.41761370.30232138227598
2.5523-2.62120.34251430.288121792322100
2.6212-2.69830.34941430.261921782321100
2.6983-2.78540.29281460.257522042350100
2.7854-2.88480.31131430.25321622305100
2.8848-3.00030.32421420.239721682310100
3.0003-3.13670.3231380.249922182356100
3.1367-3.30190.27131440.222721932337100
3.3019-3.50850.27411400.207922022342100
3.5085-3.77890.2671400.207321912331100
3.7789-4.15840.25861380.184521952333100
4.1584-4.75820.20521440.153422152359100
4.7582-5.98750.18891420.156322222364100
5.9875-30.71560.20611520.17822552407100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9021-0.342-2.24554.1044-0.33761.35720.1794-0.3385-0.02520.5992-0.0816-0.33220.18430.8252-0.11170.1714-0.0254-0.02590.34630.07840.334106.9781.9776119.9271
22.7266-0.13190.88073.25731.91477.37850.0957-0.00140.2525-0.0260.0175-0.7592-0.2171.0696-0.04060.2071-0.0273-0.09110.42460.04570.4389108.190685.0426110.9935
34.28910.8908-0.30644.61870.01824.688-0.4120.40920.80430.1990.0592-0.4662-0.73240.21430.23620.3618-0.1125-0.08530.32330.03570.524105.66395.7661115.5759
46.53371.61630.69618.46794.34867.24480.0567-0.53270.06770.4179-0.1085-0.5461-0.25151.4016-0.14490.1737-0.0511-0.10030.5140.05240.3804113.72386.7097114.0324
52.2818-1.5127-1.93563.5425-0.9764.14260.1366-0.3205-0.08890.4492-0.0214-1.0682-1.43410.3382-0.2370.3428-0.1518-0.07140.4493-0.05430.4892105.197490.3378121.7135
62.16950.352-0.13940.6632-2.34878.7290.19780.02120.20510.0653-0.0587-0.05590.07340.7158-0.16730.2050.0256-0.05120.1233-0.0260.3292101.498483.0133120.127
72.0328-0.481.93573.37551.82284.6557-0.414-0.38010.05320.58660.53471.4252-0.0675-0.9879-0.10860.44110.1250.17370.66260.30250.70772.732672.6949138.2368
86.99944.9693-0.22296.17140.12713.5995-0.1876-0.2535-0.13090.33040.3413-0.16440.3794-0.0926-0.15360.30990.12170.04160.30880.04890.173687.695871.519135.1269
93.75863.1948-0.25487.2896-1.87591.9147-0.2449-0.08810.05550.17540.5367-0.0116-0.02820.1289-0.25510.33090.08620.0090.3172-0.05110.183188.501674.8564132.6627
102.55570.6628-1.41014.2662-2.02493.9483-0.0934-0.0838-0.11320.20310.54450.68240.2346-0.6518-0.53490.40360.10510.03590.40860.11640.301281.226365.2168137.8024
114.53782.0311-3.00822.9535-0.44532.8711-0.0911-0.10260.23260.72720.31380.2804-0.12980.1679-0.33870.45640.18680.12050.3870.08380.259593.381656.2494146.2788
125.02030.0272-1.55670.90220.35960.74380.1678-0.35980.41080.33270.27660.21220.1177-0.3757-0.41780.77390.1740.17530.640.31770.419486.463450.9182150.1668
138.1484-2.09843.28084.3701-0.68474.9287-0.2609-0.765-1.19840.4739-0.15080.24840.54570.23870.0460.65960.09210.06020.39720.12190.294495.031942.3845151.1765
144.85330.76570.82053.31190.02875.5693-0.1994-0.7540.0340.74820.11650.31060.2883-0.07340.04560.64050.14780.13160.45610.16510.324890.877249.6555149.3034
157.85547.4798-4.10919.099-4.17832.1815-0.3131-0.3720.256-0.03480.126-0.1591-0.28120.10750.03130.34530.0417-0.07840.4712-0.04990.2171107.463459.8281138.3584
165.02681.77795.48985.0152.6316.70910.24430.2866-0.4248-0.56810.1764-0.22110.88890.3234-0.21390.3527-0.09210.02570.2583-0.04860.3368105.580756.8554108.47
173.44720.35812.37742.1723-0.03032.9346-0.1839-0.05310.06980.45120.3730.2034-0.0362-0.0989-0.14570.25090.0284-0.02080.23640.01380.2592103.166562.5767122.4395
181.01340.6680.49894.0477-2.48275.99070.30460.0238-0.1710.32750.18360.26350.37260.1617-0.3910.25170.0336-0.02350.2138-0.05610.2963102.314359.2408124.9666
191.52560.54710.56592.6292-0.39086.6379-0.24870.290.1379-0.30820.01920.16210.4325-0.5161-0.10280.1692-0.0504-0.03440.25390.03040.299698.020361.0655108.3149
202.0125-0.06532.57344.2177-0.74765.5697-0.00010.32680.2658-0.06390.0485-0.0459-0.31210.82550.07160.1467-0.01620.02990.29120.05280.3604106.305669.2372115.5245
214.73311.413-1.02157.0017-1.7256.0039-0.0773-0.74410.80570.00440.17290.3785-0.1418-0.7563-0.10740.16890.0754-0.02940.20240.00840.305681.100293.4857107.5683
222.43381.8268-1.25024.8862-1.11073.650.2278-0.2830.82590.2273-0.2715-0.4055-0.19830.37290.01120.2176-0.0210.02150.16480.05470.544190.673795.7447104.905
232.97520.21160.42546.043-0.65453.9312-0.13490.21740.1779-0.48380.0715-0.00670.0264-0.04380.05560.18820.0156-0.01990.24830.140.439689.375192.864897.1349
246.48232.71071.27761.9653-1.17923.9423-0.007-0.2915-0.4221-0.1563-0.1002-0.9890.07590.11210.1130.2280.0527-0.03330.17620.03840.484586.457287.7352105.918
252.524-1.1233-1.02631.8388-1.90894.38930.3719-0.12980.23210.3344-0.2713-0.2508-0.7390.0984-0.13570.2347-0.0936-0.00260.2846-0.03350.329485.66290.8321111.5808
266.66910.9070.90995.74980.80031.92690.3187-1.28970.08950.76680.58140.6574-0.0383-0.4331-0.03030.41790.27110.13790.54770.13560.418676.101778.2891140.5509
273.82070.7986-0.09161.6797-0.68172.6118-0.0719-0.18890.93450.70540.39380.502-0.4013-0.36950.07660.39130.18310.0750.24490.07350.529175.444887.8711129.6172
283.39810.0761-0.32382.2679-0.54023.7654-0.0461-0.74960.41360.52170.35490.0148-0.2045-0.2377-0.20220.33710.14960.00090.3667-0.03640.299979.910583.0251134.8842
292.9891-0.18162.23950.87570.73512.8043-0.4412-0.28991.08970.60180.4255-0.1565-1.5453-1.03260.33470.59550.29790.11440.58260.13340.669970.130289.3126133.2794
303.60290.590.24991.0677-0.42492.2302-0.2244-0.0156-1.13450.32380.36520.77221.558-0.7669-0.21611.1457-0.30370.37280.47540.32480.910782.434133.0502137.5724
311.3395-0.6852-0.30632.0679-0.56743.828-0.12630.133-0.14470.23950.49460.60730.9457-0.9041-0.33820.56-0.11920.02150.33030.05310.412791.429141.3195125.8467
325.54221.96160.05582.67110.94841.446-0.13460.2475-0.6112-0.30010.1448-0.38150.2580.0736-0.050.35510.039-0.02020.1893-0.02130.2467108.044446.1299116.1066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 19 through 38 )L19 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 39 through 61 )L39 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 62 through 75 )L62 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 76 through 90 )L76 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 91 through 113 )L91 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 114 through 128 )L114 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 129 through 150 )L129 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 151 through 174 )L151 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 175 through 211 )L175 - 211
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 18 )A1 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 19 through 38 )A19 - 38
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 39 through 61 )A39 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 62 through 102 )A62 - 102
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 103 through 113 )A103 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 114 through 128 )A114 - 128
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 129 through 150 )A129 - 150
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 151 through 174 )A151 - 174
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 175 through 188 )A175 - 188
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 189 through 214 )A189 - 214
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 18 through 44 )H18 - 44
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 45 through 83 )H45 - 83
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 84 through 99 )H84 - 99
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 100 through 129 )H100 - 129
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 130 through 153 )H130 - 153
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 154 through 167 )H154 - 167
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 168 through 204 )H168 - 204
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 205 through 222 )H205 - 222
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 3 through 60 )B3 - 60
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 61 through 153 )B61 - 153
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 154 through 224 )B154 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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