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- PDB-5cd3: Structure of immature VRC01-class antibody DRVIA7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cd3
タイトルStructure of immature VRC01-class antibody DRVIA7
要素
  • DRVIA7 Heavy Chain
  • DRVIA7 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / VRC01 / HIV-1 / CD4 binding site / gp120
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kong, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Key gp120 Glycans Pose Roadblocks to the Rapid Development of VRC01-Class Antibodies in an HIV-1-Infected Chinese Donor.
著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / ...著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / Yanling Hao / Yi Feng / Fernando Garces / Richard Wilson / Kaifan Dai / Sijy O'Dell / Krisha McKee / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt / Yuxing Li / Ian A Wilson / Jiang Zhu / Yiming Shao /
要旨: VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain ...VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain elusive. We demonstrated how VRC01-class antibodies emerged in a Chinese donor by antigen-specific single B cell sorting, structural and functional studies, and longitudinal antibody and virus repertoire analyses. A monoclonal antibody DRVIA7 with modest neutralizing breadth was isolated that displayed a subset of VRC01 signatures. X-ray and EM structures revealed a VRC01-like angle of approach, but less favorable interactions between the DRVIA7 light-chain CDR1 and the N terminus with N276 and V5 glycans of gp120. Although the DRVIA7 lineage was unable to acquire broad neutralization, longitudinal analysis revealed a repertoire-encoded VRC01 light-chain CDR3 signature and VRC01-like neutralizing heavy-chain precursors that rapidly matured within 2 years. Thus, light chain accommodation of the glycan shield should be taken into account in vaccine design targeting this conserved site of vulnerability.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DRVIA7 Heavy Chain
H: DRVIA7 Light Chain
A: DRVIA7 Heavy Chain
B: DRVIA7 Light Chain
C: DRVIA7 Heavy Chain
D: DRVIA7 Light Chain
E: DRVIA7 Heavy Chain
F: DRVIA7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,0248
ポリマ－189,0248
非ポリマー00
水00
1
G: DRVIA7 Heavy Chain
H: DRVIA7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2562
ポリマ－47,2562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
2
A: DRVIA7 Heavy Chain
B: DRVIA7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2562
ポリマ－47,2562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
3
C: DRVIA7 Heavy Chain
D: DRVIA7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2562
ポリマ－47,2562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
4
E: DRVIA7 Heavy Chain
F: DRVIA7 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2562
ポリマ－47,2562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.829, 73.747, 101.158
Angle α, β, γ (deg.)89.84, 89.40, 89.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
DRVIA7 Heavy Chain


分子量: 24048.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
DRVIA7 Light Chain


分子量: 23207.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol and 0.08 M sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 41586 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 3.84
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.542 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 2109 5.08 %
Rwork0.2341 --
obs0.2367 41505 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13172 0 0 0 13172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22618332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6424872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.96510.35991510.28372443X-RAY DIFFRACTION91
2.9651-3.03920.31381250.28442693X-RAY DIFFRACTION98
3.0392-3.12140.36781460.28552635X-RAY DIFFRACTION98
3.1214-3.21320.29611550.27592670X-RAY DIFFRACTION98
3.2132-3.31690.33411410.27112682X-RAY DIFFRACTION98
3.3169-3.43540.30781310.25962632X-RAY DIFFRACTION98
3.4354-3.57290.33021340.24862678X-RAY DIFFRACTION98
3.5729-3.73550.28671410.25012653X-RAY DIFFRACTION98
3.7355-3.93230.28421280.23122693X-RAY DIFFRACTION98
3.9323-4.17860.26141460.22032638X-RAY DIFFRACTION98
4.1786-4.5010.26421430.19152640X-RAY DIFFRACTION97
4.501-4.95360.23851520.18912616X-RAY DIFFRACTION97
4.9536-5.66950.25551450.20522604X-RAY DIFFRACTION96
5.6695-7.13960.25251290.2392604X-RAY DIFFRACTION95
7.1396-49.54890.24721420.21052515X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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