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万見
- PDB-1e6o: Crystal structure of Fab13B5 against HIV-1 capsid protein p24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6o
タイトルCrystal structure of Fab13B5 against HIV-1 capsid protein p24
要素
  • IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
  • IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FAB / ANTIBODY / ANTIGEN / HIV-1 / P24 / CA
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Monaco-Malbet, S. / Berthet-Colominas, C. / Novelli, A. / Battai, N. / Piga, N. / Mallet, F. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Mutual Conformational Adaptations in Antigen and Antibody Upon Complex Formation between an Fab and HIV-1 Capsid Protein P24
著者: Monaco-Malbet, S. / Berthet-Colominas, C. / Novelli, A. / Battai, N. / Piga, N. / Cheynet, V. / Mallet, F. / Cusack, S.
履歴
登録2000年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
L: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8382
ポリマ－46,8382
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.680, 81.900, 134.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN


分子量: 23552.301 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN 1-219 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OBTAINED BY PEPSIN CLEAVAGE (FAB') / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN


分子量: 23285.732 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN 1-210 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OBTAINED BY PEPSIN CLEAVAGE (FAB') / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 7MG/ML OF FAB'13B5 IN 0.1M PIPES PH=7.8 IN 9% TO 11% PEG8000 AFTER EQUILIBRATION IN HANGING DROPS AT 22C, pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19-11 %PEG80001reservoir
20.1 MPIPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.799
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 35964 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.127 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
% possible obs: 94 % / Num. measured all: 124392 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AFV

1afv


解像度: 1.8→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: LAST 4 AA OF L CHAIN ARE NOT SEQUENCED BUT PRESUMED TO BE RNEC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3569 9.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 35872 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20 Å2
2--3.45 Å20 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 0 237 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 509 9.5 %
Rwork0.256 4839 -
obs--85 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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