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万見
- PDB-3eo0: Structure of the Transforming Growth Factor-Beta Neutralizing Ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eo0
タイトルStructure of the Transforming Growth Factor-Beta Neutralizing Antibody GC-1008
要素
  • GC-1008 Fab Heavy Chain
  • GC-1008 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytokine neutralizing antibody / FAB fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis B virus receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gruetter, C. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A cytokine-neutralizing antibody as a structural mimetic of 2 receptor interactions
著者: Wilkinson, T. / Turner, R. / Podichetty, S. / Finch, D. / McCourt, M. / Loning, S. / Jermutus, L.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GC-1008 Fab Light Chain
B: GC-1008 Fab Heavy Chain
C: GC-1008 Fab Light Chain
D: GC-1008 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,10210
ポリマ－94,5504
非ポリマー5536
水13,818767
1
A: GC-1008 Fab Light Chain
B: GC-1008 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5515
ポリマ－47,2752
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-30.4 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
C: GC-1008 Fab Light Chain
D: GC-1008 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5515
ポリマ－47,2752
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.561, 83.009, 91.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 GC-1008 Fab Light Chain


分子量: 23425.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0
#2: 抗体 GC-1008 Fab Heavy Chain


分子量: 23848.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0 / 参照: UniProt: Q6PYX1*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 % / Mosaicity: 0.674 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG4000, 0.1M MOPS, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月19日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 130926 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.812.50.306114740.993185.8
1.81-1.892.90.26129211.003197
1.89-1.973.10.2133451.074199.7
1.97-2.073.20.148133361.14199.8
2.07-2.23.20.114133761.088199.7
2.2-2.383.20.097133311.081199.6
2.38-2.613.20.077133401.032199.6
2.61-2.993.20.067133450.972199.3
2.99-3.773.10.06133810.887199.2
3.77-5030.059130770.685195.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V7N

2v7n


解像度: 1.75→35.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 3.998 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / SU Rfree: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1286 1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 130868 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.81 Å2 / Biso mean: 25.544 Å2 / Biso min: 12.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-1.06 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6564 0 36 767 7367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9679368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3515926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80624.263251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.371151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0371530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24717
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4141.54531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17427191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91432654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1224.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.98437185
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.8993770
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.68536667
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.797 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 73 -
Rwork0.201 7953 -
all-8026 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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