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- PDB-5i8e: Crystal Structure of Broadly Neutralizing HIV-1 Fusion Peptide-Ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8e
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing HIV-1 Fusion Peptide-Targeting Antibody VRC34.01 Fab
要素
  • VRC34.01 Fab heavy chain
  • VRC34.01 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / envelope / trimer / fusion peptide / antibody / neutralizing
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.655 Å
データ登録者Xu, K. / Zhou, T. / Liu, K. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Fusion peptide of HIV-1 as a site of vulnerability to neutralizing antibody.
著者: Rui Kong / Kai Xu / Tongqing Zhou / Priyamvada Acharya / Thomas Lemmin / Kevin Liu / Gabriel Ozorowski / Cinque Soto / Justin D Taft / Robert T Bailer / Evan M Cale / Lei Chen / Chang W Choi ...著者: Rui Kong / Kai Xu / Tongqing Zhou / Priyamvada Acharya / Thomas Lemmin / Kevin Liu / Gabriel Ozorowski / Cinque Soto / Justin D Taft / Robert T Bailer / Evan M Cale / Lei Chen / Chang W Choi / Gwo-Yu Chuang / Nicole A Doria-Rose / Aliaksandr Druz / Ivelin S Georgiev / Jason Gorman / Jinghe Huang / M Gordon Joyce / Mark K Louder / Xiaochu Ma / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Marie Pancera / Yongping Yang / Scott C Blanchard / Walther Mothes / Dennis R Burton / Wayne C Koff / Mark Connors / Andrew B Ward / Peter D Kwong / John R Mascola /
要旨: The HIV-1 fusion peptide, comprising 15 to 20 hydrophobic residues at the N terminus of the Env-gp41 subunit, is a critical component of the virus-cell entry machinery. Here, we report the ...The HIV-1 fusion peptide, comprising 15 to 20 hydrophobic residues at the N terminus of the Env-gp41 subunit, is a critical component of the virus-cell entry machinery. Here, we report the identification of a neutralizing antibody, N123-VRC34.01, which targets the fusion peptide and blocks viral entry by inhibiting conformational changes in gp120 and gp41 subunits of Env required for entry. Crystal structures of N123-VRC34.01 liganded to the fusion peptide, and to the full Env trimer, revealed an epitope consisting of the N-terminal eight residues of the gp41 fusion peptide and glycan N88 of gp120, and molecular dynamics showed that the N-terminal portion of the fusion peptide can be solvent-exposed. These results reveal the fusion peptide to be a neutralizing antibody epitope and thus a target for vaccine design.
履歴
登録2016年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VRC34.01 Fab heavy chain
B: VRC34.01 Fab light chain
C: VRC34.01 Fab heavy chain
D: VRC34.01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,75214
ポリマ－93,0984
非ポリマー65410
水2,252125
1
A: VRC34.01 Fab heavy chain
B: VRC34.01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8767
ポリマ－46,5492
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
2
C: VRC34.01 Fab heavy chain
D: VRC34.01 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8767
ポリマ－46,5492
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.606, 114.606, 174.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROchain AAA2 - 2132 - 222
21GLNGLNPROPROchain CCC1 - 2131 - 222
12ILEILEASNASNchain BBB2 - 2101 - 209
22ILEILEALAALAchain DDD2 - 2111 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 VRC34.01 Fab heavy chain


分子量: 23668.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 VRC34.01 Fab light chain


分子量: 22880.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Zinc Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate pH6.5 and 15% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 30065 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 64.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.869 / Net I/av σ(I): 14.256 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 100033
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.743.30.807195.1
2.74-2.853.30.58194.4
2.85-2.983.40.379194.4
2.98-3.143.30.269194
3.14-3.343.40.193193.5
3.34-3.63.30.151193.2
3.6-3.963.30.133192.5
3.96-4.533.30.115192
4.53-5.713.30.11191.2
5.71-503.30.084188.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JPI

4jpi


解像度: 2.655→37.314 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 1535 5.11 %
Rwork0.1859 28530 -
obs0.1891 30065 92.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 251.28 Å2 / Biso mean: 82.4372 Å2 / Biso min: 32.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.655→37.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6411 0 10 125 6546
Biso mean--85.31 63.12 -
残基数----846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5328937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3832315
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1876X-RAY DIFFRACTION9.879TORSIONAL
12C1876X-RAY DIFFRACTION9.879TORSIONAL
21B1670X-RAY DIFFRACTION9.879TORSIONAL
22D1670X-RAY DIFFRACTION9.879TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6552-2.74080.42071480.30192644279294
2.7408-2.83880.34631330.25812629276295
2.8388-2.95240.26521570.21842603276094
2.9524-3.08670.28491570.20752604276194
3.0867-3.24930.31611340.20232614274894
3.2493-3.45280.27371380.17952602274093
3.4528-3.71910.22481440.17292603274793
3.7191-4.0930.25651440.16552569271392
4.093-4.68430.1941160.14722567268392
4.6843-5.89790.19581340.17262558269291
5.8979-37.31780.25251300.20312537266789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0888-0.0507-0.25141.3122-0.24851.08970.098-0.1210.58040.05380.1380.3504-0.2312-0.27910.00080.53560.02610.13560.48540.08170.654739.40387.91331.52
21.40051.5385-1.41261.8058-1.65431.67940.5084-0.56070.69250.798-0.110.9046-0.48450.20320.30670.64360.29420.40430.83450.20041.165510.53786.12550.447
30.1369-0.08070.08520.04980.14010.30690.2516-0.39190.24020.80890.17780.67820.341-0.21780.31230.95840.26390.49620.99150.23240.963111.49485.53253.768
41.64420.37470.65471.2409-0.71771.03070.0376-0.36660.05510.19060.11670.12430.2023-0.01810.04450.6020.01160.13850.51750.05690.404636.79468.56942.356
51.61320.0459-0.06510.47880.27380.46720.12540.42640.25590.15330.30941.23630.2331-0.26750.07440.5332-0.19430.13390.99650.38641.17687.43369.82746.479
60.19690.214-0.18590.6106-0.22510.16850.2304-0.0569-0.7018-0.53740.0330.31640.0635-0.47970.02870.58010.0695-0.30060.67660.03230.828713.79855.0885.522
7-0.0039-0.14840.03572.0542-0.5360.12780.6167-0.0823-0.4348-0.2295-0.214-0.53630.3891-0.02190.07240.5661-0.102-0.28490.64690.10290.647920.96844.6944.871
80.41150.2185-0.32260.3181-0.28320.3294-0.42270.34840.99290.09791.0247-0.2077-0.2361-0.52150.06340.5231-0.0042-0.09210.46420.13350.648124.2960.2597.118
90.2969-0.2211-0.24380.2694-0.12370.69720.1405-0.49-0.22580.38520.1960.16460.1809-0.190.04190.5619-0.0901-0.16060.63980.13350.684622.96350.6514.549
100.28760.19360.02040.37190.07020.0170.06290.166-0.3123-0.02560.04940.3463-0.017-0.28310.00070.55380.0192-0.16030.73730.12340.693424.31255.7717.023
110.09940.00160.02280.3469-0.67571.2693-0.1881-0.3001-0.1386-0.5456-0.07770.33920.5749-0.113-0.22190.62460.1188-0.29360.77260.3180.82675.27975.521-7.861
120.89550.1504-0.85340.2714-0.6262.63920.13450.33170.7683-0.15080.10270.6612-1.18890.63010.49060.86190.0231-0.45050.8570.28660.84179.96277.751-13.68
130.5296-0.5878-0.40960.72380.62870.68190.3360.3266-0.56210.0724-0.00720.50520.20510.18-1.07290.9342-0.0291-0.43620.81760.36161.11010.38371.419-11.755
141.1640.01780.70641.0864-0.34341.0994-0.12770.42040.3536-0.2387-0.0030.106-0.1430.42860.09040.5989-0.0464-0.14570.58630.11550.43834.48167.326-2.168
150.48730.1393-0.56840.4727-0.13480.4722-0.10670.31551.10380.06890.1920.0247-0.1377-0.08290.00050.95360.0603-0.32860.67210.22761.187916.08689.871-6.809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:120 )A2 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 121:168 )A121 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 169:213 )A169 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2:126 )B2 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 127:210 )B127 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 1:17 )C1 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 18:32 )C18 - 32
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 33:44 )C33 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 45:83 )C45 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 84:120 )C84 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 121:166 )C121 - 166
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 167:203 )C167 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 204:213 )C204 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 2:128 )D2 - 128
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 129:211 )D129 - 211

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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