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- PDB-6u6m: Crystal structure of a vaccine-elicited anti-HIV-1 rhesus macaque... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u6m
タイトルCrystal structure of a vaccine-elicited anti-HIV-1 rhesus macaque antibody DH840.1
要素
  • DH840.1 Fab heavy chain
  • DH840.1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT / HIV / ANTIBODY / rhesus macaque / vaccine-elicited
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.683 Å
データ登録者Chen, W.-H. / Choe, M. / Saunders, K.O. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structural and genetic convergence of HIV-1 neutralizing antibodies in vaccinated non-human primates.
著者: Cai, F. / Chen, W.H. / Wu, W. / Jones, J.A. / Choe, M. / Gohain, N. / Shen, X. / LaBranche, C. / Eaton, A. / Sutherland, L. / Lee, E.M. / Hernandez, G.E. / Wu, N.R. / Scearce, R. / Seaman, M. ...著者: Cai, F. / Chen, W.H. / Wu, W. / Jones, J.A. / Choe, M. / Gohain, N. / Shen, X. / LaBranche, C. / Eaton, A. / Sutherland, L. / Lee, E.M. / Hernandez, G.E. / Wu, N.R. / Scearce, R. / Seaman, M.S. / Moody, M.A. / Santra, S. / Wiehe, K. / Tomaras, G.D. / Wagh, K. / Korber, B. / Bonsignori, M. / Montefiori, D.C. / Haynes, B.F. / de Val, N. / Joyce, M.G. / Saunders, K.O.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH840.1 Fab heavy chain
L: DH840.1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2512
ポリマ－47,2512
非ポリマー00
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.110, 75.080, 93.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 DH840.1 Fab heavy chain


分子量: 24063.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH840.1 Fab light chain


分子量: 23186.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate/citrate, 20 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.683→39.57 Å / Num. obs: 12547 / % possible obs: 92.97 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 35.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1794 / Rpim(I) all: 0.08471 / Rrim(I) all: 0.1992 / Net I/σ(I): 12.01
反射 シェル解像度: 2.683→2.779 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6838 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique obs: 1171 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.3684 / Rrim(I) all: 0.7801 / % possible all: 87.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C6X

6c6x


解像度: 2.683→39.566 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 2240 9.96 %
Rwork0.22 --
obs0.2249 12545 89.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.06 Å2 / Biso mean: 36.6525 Å2 / Biso min: 9.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.683→39.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 0 104 3344
Biso mean---34.22 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5034529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4341990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6832-2.74150.3391270.3047114681
2.7415-2.80530.34381410.2749127493
2.8053-2.87540.30621450.2816132592
2.8754-2.95320.30631420.2626129593
2.9532-3.040.3531410.2608131891
3.04-3.13810.30321440.2443128091
3.1381-3.25020.26021380.2345129991
3.2502-3.38030.28091380.2282127291
3.3803-3.5340.24741450.2177129491
3.534-3.72020.29581370.2159127990
3.7202-3.95310.27011460.2119124990
3.9531-4.2580.28811320.2053126090
4.258-4.68590.21651370.1607126789
4.6859-5.36250.19441450.1939123189
5.3625-6.75080.2561430.2325124388
6.7508-39.560.27051390.1985121787
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.231-0.0227-0.04712.90981.5271.2265-0.1614-0.50840.14130.85070.09310.020.42090.0299-0.17190.4163-0.0507-0.04890.3038-0.06350.279438.25873.45924.233
21.564-1.1103-0.35670.6650.37550.7885-0.0682-0.41680.294-0.27170.1949-0.25010.15360.21610.14910.2227-0.00580.00650.1960.02520.243845.64970.11616.631
30.3041-0.3639-0.09390.40530.49440.28380.1837-0.1249-0.0229-0.0138-0.0835-0.486-0.04460.6070.01810.46620.0153-0.06390.3597-0.00770.36753.72374.85719.753
41.0588-0.9184-0.18641.591-0.18380.7852-0.3025-0.69780.63990.30820.132-0.9661-0.03720.2929-0.11750.31630.0755-0.17340.2981-0.03280.405744.53175.424.2
50.7919-0.2559-0.90122.16551.14811.8796-0.0597-0.251-1.00951.6306-1.320.14050.4532-0.4161-1.54630.03420.37390.051-0.2148-0.09310.149948.01567.27510.261
61.0498-0.7974-0.35541.0670.44440.747-0.20570.08910.09540.58070.0297-0.25340.7146-0.2811-0.02040.2510.00710.00390.3366-0.02460.157334.46675.1919.292
70.01-0.03280.00560.3114-0.12870.0824-0.1676-0.07150.0167-0.5699-0.11990.4395-0.1604-0.19530.00670.4114-0.0382-0.05320.3463-0.01980.2383.14179.49212.674
81.0695-0.4187-0.6650.1592-0.16181.4785-0.025-0.1302-0.05330.280.18140.19190.05770.02980.25810.2278-0.01140.01250.22250.0370.229513.0275.74614.809
90.1207-0.0809-0.31530.36960.32810.51120.2007-1.1046-0.40780.1408-0.0361-0.08010.7533-0.16120.00010.34350.0467-0.00850.54530.09490.27513.16973.37524.084
101.2595-0.94860.82782.24350.91621.82890.04290.4945-0.0094-0.2945-0.0277-0.055-0.2550.15070.00560.22950.02150.00370.26770.05020.249441.32472.622-2.841
111.7785-1.701-0.28281.51470.12340.79480.2880.0991-0.2706-0.3101-0.34090.07430.23280.0516-1.15660.3121-0.0013-0.0610.2495-0.01550.22138.33669.215-3.525
120.94780.1995-0.50790.73970.75090.55540.19790.0236-0.0412-0.2421-0.10770.1466-0.2583-0.18260.00630.1559-0.0103-0.03790.18560.03580.1859.17887.6748.073
131.8355-0.667-0.57420.6472-0.12071.05340.22010.16660.0779-0.2807-0.03820.1251-0.15460.02580.67210.2417-0.021-0.08260.13020.00450.175310.16187.4475.352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 18:52 )H18 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 53:72 )H53 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 73:87 )H73 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 88:100 )H88 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 101:119 )H101 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 120:135 )H120 - 135
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 136:194 )H136 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 195:212 )H195 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 1:48 )L1 - 48
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 49:112 )L49 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 113:154 )L113 - 154
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 155:210 )L155 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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