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万見
- PDB-3fct: MATURE METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY WITH HAPTEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fct
タイトルMATURE METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY WITH HAPTEN
要素(PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / METAL CHELATASE / CATALYTIC ANTIBODY / FAB FRAGMENT
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / N-METHYLMESOPORPHYRIN
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Romesberg, F.E. / Santarsiero, B.D. / Barnes, D. / Yin, J. / Spiller, B. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural and kinetic evidence for strain in biological catalysis.
著者: Romesberg, F.E. / Santarsiero, B.D. / Spiller, B. / Yin, J. / Barnes, D. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
履歴
登録1999年6月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年1月22日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
B: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
C: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
D: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,55716
ポリマ－93,0584
非ポリマー1,49912
水9,836546
1
A: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
B: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3569
ポリマ－46,5292
非ポリマー8267
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
D: PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2027
ポリマ－46,5292
非ポリマー6735
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.290, 100.689, 73.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.768696, -0.044396, 0.638071), (-0.03005, -0.998993, -0.033307), (0.638908, 0.006428, -0.769256)-88.578, 82.7215, 139.7903
2given(0.753593, -0.005915, 0.657315), (-0.015668, -0.999837, 0.008965), (0.657155, -0.017055, -0.753563)-92.9298, 77.0969, 138.763
3given(0.757525, -0.058684, 0.650163), (-0.060283, -0.997984, -0.019841), (0.650017, -0.024163, -0.759536)-19.1128, 80.2548, 165.847
4given(0.763982, -0.061151, 0.642334), (-0.048339, -0.998126, -0.037528), (0.643425, -0.002379, -0.765506)-87.9134, 83.8807, 139.8223

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)


分子量: 23432.014 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: SWISS WEBSTER / Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株: 7G12 HYBRIDOMA / 細胞内の位置: PERIPLASM / 器官: SPLEEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 PROTEIN (METAL CHELATASE CATALYTIC ANTIBODY)


分子量: 23097.074 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: SWISS WEBSTER / Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株: 7G12 HYBRIDOMA / 細胞内の位置: PERIPLASM / 器官: SPLEEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 558分子

#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN / 3,8,13,17,23-ペンタメチル-7,12-ジエチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 580.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 27% PEG 2000-MME, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS, PH 7.0, 10MM CADMIUM SULFATE, WITH 10-FOLD EXCESS OF DIASTEREOMERIC N- METHYLMESOPORPHYRIN AT 20C ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 27% PEG 2000-MME, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS, PH 7.0, 10MM CADMIUM SULFATE, WITH 10-FOLD EXCESS OF DIASTEREOMERIC N- METHYLMESOPORPHYRIN AT 20C (HANGING DROP)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HKL

1hkl


解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1393 3.5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 27726 69.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 45.64 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6536 0 96 546 7178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.12.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PACNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARACNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4FCHEME.PARAMFCHEME.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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