[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-1uwe: MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIOSELECTIVE PROTON TRANSFER TO CARBON... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1uwe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIOSELECTIVE PROTON TRANSFER TO CARBON IN CATALYTIC ANTIBODY 14D9 | ||||||
![]() | (ANTIBODY 14D9) x 2 | ||||||
![]() | ANTIBODY | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Baumann, U. / Reymond, J.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9 Authors: Zheng, L. / Baumann, U. / Reymond, J.L. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 196 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 402 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 440 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1uwgC ![]() 1d5iS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 3
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 22864.404 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: FAB HEAVY CHAIN, RESIDUES 4-216 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 22940.182 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: FAB LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-212 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | pH: 4 / Details: PEG3350, CITRIC ACID, PH 3.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 3 / Method: vapor diffusion, sitting drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Detector: CCD / Date: Jan 15, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→20 Å / Num. obs: 157522 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 22.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.67→2.83 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 77.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.67 Å / Lowest resolution: 20 Å / Num. obs: 49857 / Num. measured all: 157522 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 77.6 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1D5I Resolution: 2.67→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 11.93 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.323 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.22 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.67→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|