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万見
- PDB-1uwg: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uwg
タイトルMolecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9
要素(ANTIBODY 14D9) x 2
キーワードANTIBODY / CATALYTIC ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-KHA / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Baumann, U. / Reymond, J.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Molecular Mechanism of Enantioselective Proton Transfer to Carbon in Catalytic Antibody 14D9
著者: Zheng, L. / Baumannn, U. / Reymond, J.L.
履歴
登録2004年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年11月30日Group: Derived calculations / Other
改定 1.32017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ANTIBODY 14D9
L: ANTIBODY 14D9
X: ANTIBODY 14D9
Y: ANTIBODY 14D9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,52912
ポリマ－94,4054
非ポリマー1,1258
水1,53185
1
H: ANTIBODY 14D9
L: ANTIBODY 14D9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9558
ポリマ－47,2022
非ポリマー7526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
X: ANTIBODY 14D9
Y: ANTIBODY 14D9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5754
ポリマ－47,2022
非ポリマー3722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.470, 97.920, 70.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21X
12H
22Y

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULYSLYSLB1 - 1071 - 107
211GLUGLULYSLYSXC1 - 1071 - 107
121ARGARGGLUGLULB108 - 213108 - 213
221ARGARGGLUGLUXC108 - 213108 - 213
112GLNGLNSERSERHA3 - 1153 - 119
212GLNGLNSERSERYD3 - 1153 - 119
122THRTHRLYSLYSHA116 - 214120 - 218
222THRTHRLYSLYSYD116 - 214120 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 ANTIBODY 14D9


分子量: 23930.703 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC ANTIBODY 19C9
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#2: 抗体 ANTIBODY 14D9


分子量: 23271.740 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC ANTIBODY 19C9
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#3: 化合物 ChemComp-KHA / 1-(4-{[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]CARBONYL}BENZYL)-1-METHYLPIPERIDINIUM / 1-メチル-1-[4-[(2-ヒドロキシエチル)カルバモイル]ベンジル]ピペリジニウム


分子量: 277.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N2O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 45% MPD, 0.1 M TRIS, PH 8.5, 0.2 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE,0.1M NAI
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
145 %(v/v)MPD1reservoir
20.2 Mmono ammonium dihydrogen phosphate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
416 mg/mlFab1drop
55 mM1dropNaCl
60.6 mMhapten 1a1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月15日 / 詳細: CONFOCAL MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→20 Å / Num. obs: 22991 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 0.375
反射 シェル解像度: 2.79→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 85.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.79 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 85877 / Rmerge(I) obs: 0.137
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.96 Å / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D5I

1d5i


解像度: 2.79→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 17.09 / SU ML: 0.346 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1011 4.4 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 21887 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0.74 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6344 0 70 85 6499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0216574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9548964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0215836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.024954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2850.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5080.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.80.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.54194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1181.56778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1122380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4144.52186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L852tight positional0.160.05
2H832tight positional0.170.05
1L785loose positional0.445
2H703loose positional0.535
1L852tight thermal0.270.5
2H832tight thermal0.260.5
1L785loose thermal1.7910
2H703loose thermal1.5110
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 26
Rwork0.258 1511
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11550.2462-1.11452.8688-1.12082.25940.09840.04950.07130.2626-0.0155-0.0018-0.25790.1529-0.08290.0989-0.0025-0.02810.119-0.01050.097115.62345.352640.3973
21.37890.17731.59352.73721.94488.2774-0.17140.19630.1491-0.2448-0.020.0656-0.42220.04620.19140.0436-0.01970.02960.080.03830.131523.201712.01884.1478
33.48340.36981.88022.42240.51894.9956-0.02320.02160.07440.01640.1186-0.00780.04590.3037-0.09550.0937-0.00410.04130.0468-0.0180.105616.0558-16.011332.8579
43.73190.96920.93634.11170.91832.0301-0.09040.3001-0.0255-0.21960.022-0.35220.16520.1520.06840.09740.04160.01180.1170.05650.041230.2126-1.786910.0582
50.56090.30140.27845.18351.48413.1901-0.0332-0.3937-0.00370.2181-0.0357-0.0030.1845-0.15940.06880.12630.04490.03090.16110.02620.13397.104425.924841.2748
62.61230.4916-0.53492.6223-4.225410.6619-0.04890.2259-0.1158-0.30940.004-0.20040.26520.03470.04490.1003-0.0029-0.0090.0469-0.04710.1185-0.305821.9634.5537
73.53020.7218-0.83254.2487-2.60317.302-0.1679-0.0801-0.10590.17130.0696-0.0372-0.4543-0.34430.09830.11320.0216-0.05840.1124-0.09560.21635.719447.703635.6058
81.4810.814-0.09954.138-0.6072.0057-0.08820.10560.0656-0.16490.07480.0684-0.1561-0.04650.01340.08840.04120.00490.1598-0.01410.08-8.335834.611.7396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2L110 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3H4 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4H114 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5X1 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6X110 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7Y4 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8Y114 - 215
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: r_bond_d / Dev ideal: 0.008

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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