+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hdi | ||||||
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Title | Crystal Structure of 3E5 IgG3 FAB from mus musculus | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IgG / FAB | ||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.449 Å | ||||||
Authors | Janda, A. / Eryilmaz, E. / Kim, J. / Cordero, R.J.B. / Cowburn, D. / Casadevall, A. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Immunol. / Year: 2013 Title: Global structures of IgG isotypes expressing identical variable regions. Authors: Eryilmaz, E. / Janda, A. / Kim, J. / Cordero, R.J. / Cowburn, D. / Casadevall, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hdi.cif.gz | 341.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hdi.ent.gz | 282.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hdi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hdi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24152.801 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: IgG1 anti-TS1 VL, Gm16939 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A2NHM3*PLUS #2: Antibody | Mass: 23778.754 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P84751*PLUS #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.74 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2008 |
Radiation | Monochromator: Double silicon(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.449→50 Å / Num. obs: 35380 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.449→2.54 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2H1P, 1T66 Resolution: 2.449→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.565 / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.295 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.647 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.449→43.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.449→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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