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- PDB-6med: Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6med
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC3
要素
  • antibody HEPC3 Heavy Chain
  • antibody HEPC3 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127469 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design.
著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02019年11月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code / _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code
改定 2.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody HEPC3 Heavy Chain
B: antibody HEPC3 Light Chain
C: antibody HEPC3 Heavy Chain
D: antibody HEPC3 Light Chain
G: antibody HEPC3 Heavy Chain
I: antibody HEPC3 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,98612
ポリマ－146,4106
非ポリマー5766
水18,0151000
1
A: antibody HEPC3 Heavy Chain
B: antibody HEPC3 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0915
ポリマ－48,8032
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
C: antibody HEPC3 Heavy Chain
D: antibody HEPC3 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8993
ポリマ－48,8032
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
3
G: antibody HEPC3 Heavy Chain
I: antibody HEPC3 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9954
ポリマ－48,8032
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.910, 108.690, 166.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 antibody HEPC3 Heavy Chain


分子量: 25418.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody HEPC3 Light Chain


分子量: 23384.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.3M sodium chloride, and 0.1M sodium cacodylate pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→85 Å / Num. obs: 114454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 502647 / Scaling rejects: 224
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.04-2.074.31.052427556000.540.5591.1941.499.9
11.17-8540.0329947550.9990.0160.03421.395.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWF

4mwf


解像度: 2.04→39.583 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 5624 4.92 %
Rwork0.1815 108723 -
obs0.1832 114347 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.48 Å2 / Biso mean: 40.6303 Å2 / Biso min: 10.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→39.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9889 0 30 1002 10921
Biso mean--44.93 41.92 -
残基数----1305
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.06320.32571830.28435563739100
2.0632-2.08750.32361710.273835903761100
2.0875-2.11290.28241990.256335893788100
2.1129-2.13970.29021940.254935653759100
2.1397-2.16780.30851770.239235813758100
2.1678-2.19750.25721840.238636013785100
2.1975-2.22890.28331870.226535983785100
2.2289-2.26220.28481870.23136003787100
2.2622-2.29750.27281770.218135983775100
2.2975-2.33520.29591870.210935793766100
2.3352-2.37540.23511770.201936153792100
2.3754-2.41860.26191940.20636053799100
2.4186-2.46510.25862080.196835753783100
2.4651-2.51540.26371900.195335763766100
2.5154-2.57010.23781840.185635973781100
2.5701-2.62990.2331910.181336043795100
2.6299-2.69570.2221890.183636093798100
2.6957-2.76850.23631780.189936483826100
2.7685-2.850.23821790.192536103789100
2.85-2.94190.24111930.195536163809100
2.9419-3.0470.22281620.180736303792100
3.047-3.1690.21031830.178336343817100
3.169-3.31320.23371710.178236723843100
3.3132-3.48770.20251870.172836353822100
3.4877-3.70610.20342200.156336143834100
3.7061-3.9920.19672020.151236523854100
3.992-4.39330.16171990.131936613860100
4.3933-5.02790.15182010.131336953896100
5.0279-6.33040.17661950.17137363931100
6.3304-39.59050.20911750.21663882405799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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