+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mee | ||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.36 Å | ||||||
Authors | Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Host Microbe / Year: 2018 Title: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design. Authors: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mee.cif.gz | 506.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mee.ent.gz | 422.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mee.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mee | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6medC 6mefC 6megC 6mehC 6meiC 6mejC 6mekC 4mwfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25385.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23470.111 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.86 % / Mosaicity: 0.6 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1M BIS-Tris pH5.5, and 25% PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.36→39.13 Å / Num. obs: 190823 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 1209314 / Scaling rejects: 340 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MWF Resolution: 1.36→35.097 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.45 Å2 / Biso mean: 28.5449 Å2 / Biso min: 9.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.36→35.097 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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