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- PDB-6xli: CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-TAU ANTIBODY PT3 Fab+pT212/pT217-TAU PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xli
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-TAU ANTIBODY PT3 Fab+pT212/pT217-TAU PEPTIDE
要素
  • PT3 Fab Heavy Chain
  • PT3 Fab Light Chain
  • Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / ANTIBODY / NEUROSCIENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / axolemma / protein polymerization / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / neurofibrillary tangle assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / synapse assembly / supramolecular fiber organization / positive regulation of protein localization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / axon cytoplasm / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to lead ion / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Luo, J.
引用ジャーナル: J Alzheimers Dis / 年: 2020
タイトル: Discovery and Functional Characterization of hPT3, a Humanized Anti-Phospho Tau Selective Monoclonal Antibody.
著者: Van Kolen, K. / Malia, T.J. / Theunis, C. / Nanjunda, R. / Teplyakov, A. / Ernst, R. / Wu, S.J. / Luo, J. / Borgers, M. / Vandermeeren, M. / Bottelbergs, A. / Wintmolders, C. / Lacy, E. / ...著者: Van Kolen, K. / Malia, T.J. / Theunis, C. / Nanjunda, R. / Teplyakov, A. / Ernst, R. / Wu, S.J. / Luo, J. / Borgers, M. / Vandermeeren, M. / Bottelbergs, A. / Wintmolders, C. / Lacy, E. / Maurin, H. / Larsen, P. / Willems, R. / Van De Casteele, T. / Triana-Baltzer, G. / Slemmon, R. / Galpern, W. / Trojanowski, J.Q. / Sun, H. / Mercken, M.H.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PT3 Fab Heavy Chain
B: PT3 Fab Light Chain
C: PT3 Fab Heavy Chain
D: PT3 Fab Light Chain
H: PT3 Fab Heavy Chain
L: PT3 Fab Light Chain
E: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
F: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
P: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,37812
ポリマ－150,1019
非ポリマー2763
水13,655758
1
A: PT3 Fab Heavy Chain
B: PT3 Fab Light Chain
E: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1264
ポリマ－50,0343
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: PT3 Fab Heavy Chain
D: PT3 Fab Light Chain
F: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1264
ポリマ－50,0343
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
3
H: PT3 Fab Heavy Chain
L: PT3 Fab Light Chain
P: Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1264
ポリマ－50,0343
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.240, 83.660, 166.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 PT3 Fab Heavy Chain


分子量: 24536.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PT3 Fab Light Chain


分子量: 23870.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Tau Phosphopeptide (Ac-SR(pT)PSLP(pT)PPTRE-OH)


分子量: 1626.599 Da / 分子数: 3
Fragment: residues 210-222 of Tau, phosporylated on T212 and T217
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M NH4H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.83 Å / Num. obs: 116430 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.09
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 / Num. unique obs: 8607

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I19

5i19


解像度: 2→36.159 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 2002 1.72 %
Rwork0.1858 --
obs0.1863 116414 99.25 %
原子変位パラメータBiso max: 95.85 Å2 / Biso mean: 41.0952 Å2 / Biso min: 17.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10111 0 18 758 10887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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