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Yorodumi- PDB-5vh3: Crystal structure of Fab fragment of the anti-TNFa antibody infli... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vh3 | ||||||
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Title | Crystal structure of Fab fragment of the anti-TNFa antibody infliximab in a C-centered orthorhombic crystal form | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / infliximab / biosimilar / TNFa | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Lerch, T.F. / Conlan, H. / Sharpe, P. | ||||||
Citation | Journal: MAbs / Year: 2017 Title: Infliximab crystal structures reveal insights into self-association. Authors: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Lee, E. / Conlon, H.D. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Luo, Y. / Zou, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vh3.cif.gz | 362.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vh3.ent.gz | 294.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vh3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vh3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vh4C 5vh5C 4g3yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24356.178 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #2: Antibody | Mass: 23460.873 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Fab at 10 mg/mL against Wiz 34 screen condition B4 20% PEG 3350, 0.2 M potassium citrate tribasic supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 267664b4, unique puck ID sdw5-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 79590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.246 % / Biso Wilson estimate: 21.24 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 10.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4g3y Resolution: 2→50 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.11 Å2 / Biso mean: 27.218 Å2 / Biso min: 4.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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