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Yorodumi- PDB-5vh5: Crystal Structure of Fc fragment of anti-TNFa antibody infliximab -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vh5 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Fc fragment of anti-TNFa antibody infliximab | |||||||||
Components | Infliximab Fc | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fc / biosimilar / Infliximab / TNFa / anti-TNFa | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.75 Å | |||||||||
Authors | Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Lerch, T.F. / Conlan, H. / Sharpe, P. | |||||||||
Citation | Journal: MAbs / Year: 2017 Title: Infliximab crystal structures reveal insights into self-association. Authors: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Lee, E. / Conlon, H.D. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Luo, Y. / Zou, Q. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vh5.cif.gz | 111.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vh5.ent.gz | 80.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vh5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/5vh5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vh3C 5vh4C 4cdhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28361.252 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Humanized / Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) | ||||
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#2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: JCSG+ E7 (266855e7): 10% propanol-2, 200mM zinc acetate, 100mM sodium cacodylate pH6.5: protein conc. 10mg/mL: cryo 20% ethylene glycol: puckID sxt1-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→33.264 Å / Num. obs: 28936 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.985 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 17.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4cdh Resolution: 1.75→33.264 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.08 Å2 / Biso mean: 39.7069 Å2 / Biso min: 11.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→33.264 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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