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- PDB-3g6j: C3b in complex with a C3b specific Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g6j
タイトルC3b in complex with a C3b specific Fab
要素
  • Complement C3 alpha chain
  • Complement C3 beta chain
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / C3b / Fab / Antibody:Antigen / Age-related macular degeneration / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Disease mutation / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Phosphoprotein / Secreted / Thioester bond
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain ...Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Analysis of a C3b-specific Antibody That Selectively Inhibits the Alternative Pathway of Complement
著者: Katschke, K.J. / Stawicki, S. / Yin, J. / Steffek, M. / Xi, H. / Sturgeon, L. / Hass, P.E. / Loyet, K.M. / Deforge, L. / Wu, Y. / van Lookeren Campagne, M. / Wiesmann, C.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3 alpha chain
C: Complement C3 beta chain
D: Complement C3 alpha chain
E: Fab light chain
F: Fab heavy chain
G: Fab light chain
H: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,15010
ポリマ－445,0708
非ポリマー802
水00
1
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3 alpha chain
E: Fab light chain
F: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,5755
ポリマ－222,5354
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Complement C3 beta chain
D: Complement C3 alpha chain
G: Fab light chain
H: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,5755
ポリマ－222,5354
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Fab light chain
F: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1392
ポリマ－47,1392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
4
G: Fab light chain
H: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1392
ポリマ－47,1392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
5
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,4353
ポリマ－175,3952
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area69970 Å2
手法PISA
6
C: Complement C3 beta chain
D: Complement C3 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,4353
ポリマ－175,3952
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area70000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.436, 180.417, 154.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Complement C3 beta chain / Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 71322.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3 alpha chain / Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 104073.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23345.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23793.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Crystals of the C3b:S77 complex were obtained within a week at 19\xB0 C from 4 ml hanging drops, consisting of a 1:1 ratio of protein solution (10 mg/ml protein in 50 mM NaCl, 25 mM TRIS pH 7. ...詳細: Crystals of the C3b:S77 complex were obtained within a week at 19\xB0 C from 4 ml hanging drops, consisting of a 1:1 ratio of protein solution (10 mg/ml protein in 50 mM NaCl, 25 mM TRIS pH 7.8) to mother liquor (10% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 100 mM Na-HEPES, pH 7.0), suspended over mother liquor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 101495 / Num. obs: 101590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.0135
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10108 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ICF

2icf


解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 49.527 / SU ML: 0.401 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 4825 5 %RANDOM
Rwork0.21437 ---
all0.2178 96423 --
obs0.2178 96819 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20.23 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31006 0 2 0 31008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02231675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0251.96443000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7923.00252458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37153946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47724.8351390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.418155500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.62715154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.24872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0235014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.26407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.221828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.215071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.217890
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2340.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1550.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9132.520473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1982.57972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.208532052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.362.512994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.177510948
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.162 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 270 -
Rwork0.298 5332 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -47.5365 Å / Origin y: 19.9956 Å / Origin z: -34.7955 Å
111213212223313233
T-0.002 Å20.0254 Å20.0075 Å2--0.0026 Å2-0.0038 Å2---0.0009 Å2
L0.1188 °2-0.0117 °20.0034 °2-0.1187 °20.0568 °2--0.0719 °2
S0.0081 Å °-0.1141 Å °-0.0532 Å °0.01 Å °0.039 Å °-0.0805 Å °0.0068 Å °0.0028 Å °-0.0471 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1A104 - 207
3X-RAY DIFFRACTION1A208 - 329
4X-RAY DIFFRACTION1A330 - 424
5X-RAY DIFFRACTION1A425 - 535
6X-RAY DIFFRACTION1A536 - 642
7X-RAY DIFFRACTION1B730 - 805
8X-RAY DIFFRACTION1B806 - 912
9X-RAY DIFFRACTION1B913 - 963
10X-RAY DIFFRACTION1B964 - 1266
11X-RAY DIFFRACTION1B1267 - 1334
12X-RAY DIFFRACTION1B1335 - 1480
13X-RAY DIFFRACTION1B1481 - 1497
14X-RAY DIFFRACTION1B1498 - 1630
15X-RAY DIFFRACTION1C1 - 103
16X-RAY DIFFRACTION1C104 - 207
17X-RAY DIFFRACTION1C208 - 329
18X-RAY DIFFRACTION1C330 - 424
19X-RAY DIFFRACTION1C425 - 535
20X-RAY DIFFRACTION1C536 - 642
21X-RAY DIFFRACTION1D730 - 805
22X-RAY DIFFRACTION1D806 - 912
23X-RAY DIFFRACTION1D913 - 963
24X-RAY DIFFRACTION1D964 - 1266
25X-RAY DIFFRACTION1D1267 - 1334
26X-RAY DIFFRACTION1D1335 - 1480
27X-RAY DIFFRACTION1D1481 - 1497
28X-RAY DIFFRACTION1D1498 - 1630
29X-RAY DIFFRACTION1E1 - 109
30X-RAY DIFFRACTION1E110 - 214
31X-RAY DIFFRACTION1F1 - 110
32X-RAY DIFFRACTION1F121 - 216
33X-RAY DIFFRACTION1G1 - 109
34X-RAY DIFFRACTION1G110 - 214
35X-RAY DIFFRACTION1H1 - 110
36X-RAY DIFFRACTION1H121 - 216

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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