+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b4w | ||||||
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Title | Crystal structure of Plexin inhibitor complex | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / Plexin / Inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / inhibitory synapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / semaphorin receptor complex / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / inhibitory synapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / semaphorin receptor complex / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding / ossification involved in bone maturation / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / transmembrane signaling receptor activity / G alpha (12/13) signalling events / cell migration / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Matsunaga, Y. / Kitago, Y. / Arimori, T. / Takagi, J. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2016 Title: Allosteric Inhibition of a Semaphorin 4D Receptor Plexin B1 by a High-Affinity Macrocyclic Peptide Authors: Matsunaga, Y. / Bashiruddin, N.K. / Kitago, Y. / Takagi, J. / Suga, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b4w.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b4w.ent.gz | 884.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b4w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5b4w_validation.pdf.gz | 573.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5b4w_full_validation.pdf.gz | 605.2 KB | Display | |
Data in XML | 5b4w_validation.xml.gz | 91.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5b4w_validation.cif.gz | 126.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/5b4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/5b4w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ol2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61933.488 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 20-535 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / Plasmid: pcDNA3.1 / Cell line (production host): HEK293S GnT1- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: O43157 #2: Protein/peptide | Mass: 2019.380 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | These residues are signal peptide | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 / Details: 0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2014 / Details: KB mirror |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 116573 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / CC1/2: 0.57 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 88.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OL2 Resolution: 2.6→40.805 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→40.805 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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