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万見
- PDB-3i75: Antibody Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i75
タイトルAntibody Structure
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / IgG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Isaacs, N.W. / Riboldi-Tunnicliffe, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Antibody Structure
著者: Riboldi-Tunnicliffe, A. / Isaacs, N.W.
履歴
登録2009年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,37211
ポリマ－47,5762
非ポリマー7969
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.662, 129.662, 74.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-229-

SO4

21B-308-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 23449.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 24125.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR DID NOT PROVIDE EXACT SEQUENCE FOR RESIDUES 140 AND 141 IN CHAIN B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.95→111 Å / Num. obs: 51886

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MIM

1mim


解像度: 1.95→64.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 2571 5.1 %RANDOM
Rwork0.17966 ---
obs0.18139 47927 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 43 252 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0213475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.964733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12337002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2375432
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.23311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22094
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3170.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8371.52165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00123520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.94931310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0674.51213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.41123475
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.1162253
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.36623395
LS精密化 シェル解像度: 1.954→2.005 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.364 185
Rwork0.329 3238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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