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- PDB-6tco: Crystal structure of the omalizumab Fab Leu158Pro light chain mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tco
タイトルCrystal structure of the omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant - crystal form I
要素(Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
Wellcome Trust085944 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization.
著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
H: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
A: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
B: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,85128
ポリマ－97,1574
非ポリマー1,69424
水8,971498
1
L: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
H: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,52215
ポリマ－48,5792
非ポリマー94313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
A: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
B: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,32913
ポリマ－48,5792
非ポリマー75111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.465, 116.844, 181.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-407-

HOH

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要素

#1: 抗体 Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant


分子量: 23906.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant


分子量: 24672.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 and 0.2M sodium sulphate. Crystals were cryoprotected with 20% PEG 3350, 0.2M magnesium sulphate and 18% ethylene glycol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.232 Å / Num. obs: 92713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4559 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.513 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TCM

6tcm


解像度: 1.8→47.232 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 19.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1922 4613 4.98 %
Rwork0.1676 --
obs0.1688 92661 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.99 Å2 / Biso mean: 33.3157 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6463 0 102 498 7063
Biso mean--56.02 38.84 -
残基数----862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1489381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1464082
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8-1.82050.33331400.30982905
1.8205-1.84190.30021420.27212922
1.8419-1.86440.30491520.25872891
1.8644-1.8880.27921610.24162949
1.888-1.91280.25911650.22052868
1.9128-1.9390.22061600.19982900
1.939-1.96670.21661500.19122926
1.9667-1.99610.22581500.18672885
1.9961-2.02730.23151590.19392899
2.0273-2.06050.22031500.1842901
2.0605-2.0960.18841700.17972907
2.096-2.13410.21361400.17852941
2.1341-2.17520.21251490.17642898
2.1752-2.21960.19221240.17022959
2.2196-2.26780.20491350.17362946
2.2678-2.32060.19921670.17092888
2.3206-2.37860.19771550.17042919
2.3786-2.44290.21661400.17422959
2.4429-2.51480.21991580.1842943
2.5148-2.5960.22921610.17762910
2.596-2.68880.19991530.17642948
2.6888-2.79640.18961410.18192946
2.7964-2.92370.19941800.18212905
2.9237-3.07780.20771800.17882912
3.0778-3.27060.2191840.18252941
3.2706-3.5230.2141610.16462927
3.523-3.87740.15091520.15772970
3.8774-4.43810.13621330.12513035
4.4381-5.59010.1221520.11942998
5.5901-47.2320.18131490.15743150
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23850.2436-0.24510.4798-0.39690.17260.21150.52830.0958-0.3449-0.1457-0.0688-0.0056-0.03240.00760.26370.0180.01710.3487-0.05580.244929.36072.05989.1923
20.8596-0.23070.41390.529-0.52590.7936-0.00380.1672-0.26720.02520.07170.01040.09630.00580.570.21790.0377-0.03360.257-0.11690.237229.1903-8.466514.5029
30.33070.2370.11230.17510.02710.3709-0.04270.2072-0.0567-0.05010.0558-0.04330.01980.00820.0010.19930.0335-0.02570.2578-0.06050.201228.46992.570716.5047
40.67080.2113-0.42570.2671-0.08371.1018-0.0095-0.00210.21690.54160.14930.2123-0.6546-0.25340.21640.4504-0.0218-0.07530.1038-0.05790.172629.853932.355139.2969
50.1885-0.16640.06740.1832-0.07580.31920.04620.23460.07630.06170.0854-0.1387-0.08270.0790.0020.2614-0.0237-0.02220.24540.01550.254726.842828.235125.364
60.3883-0.00180.3280.0474-0.12920.63630.09010.10560.1381-0.0107-0.14840.045-0.05880.070800.24340.0001-0.0260.2499-0.00550.274327.705624.378224.9812
70.293-0.07-0.00670.7919-0.36860.5407-0.08570.06890.3114-0.12930.0377-0.0588-0.41790.03260.04830.3694-0.0257-0.08790.21580.02070.368828.210236.547729.1597
80.02190.057-0.21370.21740.09610.15110.0639-0.0708-0.05780.2827-0.0305-0.21850.0639-0.0059-00.32920.0161-0.10930.2901-0.07780.361242.1124-7.271336.1571
90.90160.1573-0.04850.27550.27930.7078-0.09640.0778-0.11420.00270.027-0.483-0.01380.07310.00520.21140.0387-0.05690.2171-0.0820.422446.5046-9.159527.41
100.02670.0263-0.09580.17140.220.1235-0.1112-0.0498-0.2711-0.08790.0247-0.68530.17120.111300.30940.0356-0.11560.3247-0.09810.497249.9601-2.909532.3084
110.0029-0.01770.05840.18310.02310.07890.02340.0036-0.07270.1561-0.0775-0.0820.11650.0393-0.08940.26620.03-0.06890.2424-0.09580.31639.7214-3.698129.2742
120.01170.01140.02080.1192-0.03750.04920.04220.17760.46610.1843-0.0162-0.0315-0.1989-0.1482-0.00010.280.03760.00090.29380.00930.25128.687825.079739.9285
130.905-0.03810.8860.7148-0.36570.97770.10580.0026-0.07130.15810.0596-0.0424-0.0109-0.17690.010.23350.0018-0.03170.28620.03970.217328.869818.380640.4672
141.0213-0.32670.12981.68570.92160.4706-0.0583-0.17440.06940.1470.01770.03440.0166-0.036-0.02530.22490.0131-0.00210.2315-0.02590.158387.076916.216329.991
151.1761-0.8655-0.05150.79440.50811.907-0.1771-0.35190.03380.2503-0.00910.2001-0.0306-0.4641-0.01690.23850.02370.03120.3788-0.06640.366453.711223.854216.0115
160.6340.4987-0.0180.82160.18960.6421-0.0262-0.0258-0.1375-0.0583-0.02670.08980.09460.019-00.21-0.0097-0.01310.1799-0.00530.169989.3328-0.869313.7683
170.2307-0.17940.11310.1149-0.24480.0532-0.0825-0.164-0.3053-0.08860.0340.17160.11220.1419-0.00010.2527-0.0291-0.00650.244-0.01370.275382.622-5.074913.1288
180.38240.13610.20570.01450.16080.39890.0466-0.0201-0.03440.008-0.04510.04090.0245-0.012400.1875-0.0064-0.01790.1813-0.02140.207580.25147.866912.9012
190.9103-0.2758-0.00521.37121.35020.98870.10510.02260.1122-0.1542-0.0698-0.246-0.2546-0.0667-0.00160.31940.03280.04750.2346-0.01370.302764.22419.47333.557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 25 )L1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 26 through 79 )L26 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 80 through 117 )L80 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 118 through 132 )L118 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 133 through 154 )L133 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 155 through 178 )L155 - 178
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 179 through 216 )L179 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 33 )H1 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 34 through 76 )H34 - 76
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 77 through 91 )H77 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 92 through 127 )H92 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 128 through 153 )H128 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 154 through 221 )H154 - 221
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1 through 117 )A1 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 118 through 216 )A118 - 216
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1 through 76 )B1 - 76
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 77 through 91 )B77 - 91
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 92 through 142 )B92 - 142
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 143 through 221 )B143 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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