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Yorodumi- PDB-5tdo: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tdo | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / Fab / 4D5 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Yin, Y. / Carter, P.J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces Authors: Yin, Y. / Carter, P.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tdo.cif.gz | 348.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tdo.ent.gz | 283.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tdo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tdo_validation.pdf.gz | 460.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5tdo_full_validation.pdf.gz | 465.2 KB | Display | |
Data in XML | 5tdo_validation.xml.gz | 35 KB | Display | |
Data in CIF | 5tdo_validation.cif.gz | 51 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tdnC 5tdpC 1fveS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23463.006 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23787.666 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3,350, 0.04 M Citrate, 0.06 M BTP, pH6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2015 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→24.071 Å / Num. obs: 113015 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 225292 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FVE Resolution: 1.61→24.071 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.75
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.13 Å2 / Biso mean: 27.3883 Å2 / Biso min: 7.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.61→24.071 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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