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- PDB-4zyk: Crystal Structure of Quaternary-Specific RSV-Neutralizing Human A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zyk | ||||||
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Title | Crystal Structure of Quaternary-Specific RSV-Neutralizing Human Antibody AM14 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Ig domain / Fab | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization of a Prefusion-Specific Antibody That Recognizes a Quaternary, Cleavage-Dependent Epitope on the RSV Fusion Glycoprotein. Authors: Gilman, M.S. / Moin, S.M. / Mas, V. / Chen, M. / Patel, N.K. / Kramer, K. / Zhu, Q. / Kabeche, S.C. / Kumar, A. / Palomo, C. / Beaumont, T. / Baxa, U. / Ulbrandt, N.D. / Melero, J.A. / ...Authors: Gilman, M.S. / Moin, S.M. / Mas, V. / Chen, M. / Patel, N.K. / Kramer, K. / Zhu, Q. / Kabeche, S.C. / Kumar, A. / Palomo, C. / Beaumont, T. / Baxa, U. / Ulbrandt, N.D. / Melero, J.A. / Graham, B.S. / McLellan, J.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 355.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 288 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zypC ![]() 4ersS ![]() 4jhaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#1: Antibody | Mass: 24365.150 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23615.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 631 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 8.69mg/mL AM14Fab, 0.1M Sodium acetate pH4.5, 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→52.582 Å / Num. obs: 66821 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.45 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 337175 / Scaling rejects: 319 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ERS, 4JHA Resolution: 2→52.582 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112 Å2 / Biso mean: 32.5391 Å2 / Biso min: 5.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→52.582 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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