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Yorodumi- PDB-5bk3: Crystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite prote... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5bk3 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite protein 580 antibody | |||||||||
Components | (580 Antibody, ...) x 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / Fab | |||||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | |||||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2017Title: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies. Authors: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...Authors: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, A.A. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5bk3.cif.gz | 675.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5bk3.ent.gz | 563.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5bk3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5bk3_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5bk3_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 5bk3_validation.xml.gz | 60.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 5bk3_validation.cif.gz | 81.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5bk0C ![]() 5bk5C ![]() 6azmC ![]() 6azxC ![]() 5i18S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules LBDFHACE
| #1: Antibody | Mass: 24245.816 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 23894.607 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Sugars , 3 types, 4 molecules
| #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 33 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-SO4 / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.19 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 100 mM MES pH 5, 1.6 M (NH4)2SO4 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→40 Å / Num. obs: 62085 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.95 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6197 / Rpim(I) all: 0.345 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5I18 Resolution: 2.8→39.578 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.55
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→39.578 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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