PDB-4wcy: Fab fragment of mouse AZ130 monoclonal antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wcy

タイトル

Fab fragment of mouse AZ130 monoclonal antibody

要素

AZ130 Heavy chain
AZ130 Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Monoclonal antibody / Epstein-Barr virus (EBV) / ZEBRA protein

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fallecker, C. / Tarbouriech, N. / Habib, M. / Crepin, T. / Drouet, E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab fragment of mouse AZ130 monoclonal antibody
著者: Fallecker, C. / Tarbouriech, N. / Habib, M. / Crepin, T. / Drouet, E.

履歴

登録	2014年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wcy.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wcy.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k26S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mu2-3 4k23-d 6rlm-4 4mhj-5 5v7u-d 5bk3-1 5tpl-d 1mjj-1 4jn1-d 1acy-d 6ltg-1 2z4q-d 1gpo-2 6nov-2 1gpo-1 4r7n-7 1s3k-d 2o5z-d 3e8u-d 6vl9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: AZ130 Heavy chain

L: AZ130 Light chain

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.157, 68.825, 113.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	AZ130 Heavy chain 分子量: 23400.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	AZ130 Light chain 分子量: 23961.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate 0.2 M, BIS-TRIS 0.1 M, Polyethylene glycol 3,350 25 %w/v

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月22日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→58 Å / Num. all: 35076 / Num. obs: 34652 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.83 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.09
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.09 % / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
REFMAC	5.8.0071	精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K26

4k26

解像度: 2→58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 3.625 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22354	1656	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17224	-	-	-
obs	0.17465	33000	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.831 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3253	0	23	302	3578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	3381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.953	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	7116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.255	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.463	25.075	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.266	15	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.564	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.864	1.849	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.861	1.846	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.713	2.75	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.714	2.753	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.368	2.184	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.336	2.177	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.995	3.113	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.752	15.784	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.647	15.489	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	115	-
R_work	0.222	2169	-
obs	-	-	89.36 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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