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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4k23 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM | ||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Yuan, C. / Huang, M. / Chen, L. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2014Title: Identification of a New Epitope in uPAR as a Target for the Cancer Therapeutic Monoclonal Antibody ATN-658, a Structural Homolog of the uPAR Binding Integrin CD11b ( alpha M) Authors: Xu, X. / Cai, Y. / Wei, Y. / Donate, F. / Juarez, J. / Parry, G. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Ahn, R.W. / Ugolkov, A. / Dubrovskyi, O. / O'halloran, T.V. / Huang, M. / Mazar, A.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4k23.cif.gz | 189 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4k23.ent.gz | 152.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4k23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4k23_validation.pdf.gz | 430.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4k23_full_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | |
| Data in XML | 4k23_validation.xml.gz | 21 KB | Display | |
| Data in CIF | 4k23_validation.cif.gz | 30.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k23 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4k24C ![]() 2ddqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24482.459 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 24156.930 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
| #3: Water | ChemComp-HOH / |
| Has protein modification | Y |
| Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. |
| Source details | THE ANTIBODY ATN658 IS A MONOCLONAL |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.95 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 8.25 Details: 20-22% PEG3350, 0.1M Tris(PH 8.0-8.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1.04 |
| Detector | Detector: CCD / Date: Jul 27, 2006 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.04 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→66.08 Å / Num. obs: 49312 / % possible obs: 85.7 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.4 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 70 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2DDQ Resolution: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.118 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.91 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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