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- PDB-4k24: Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k24
タイトルStructure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR
要素
  • (anti-uPAR antibody, ...) x 2
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • Urokinase-type plasminogen activator
  • Vitronectin
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / peptidase inhibitor complex / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / serine-type endopeptidase complex / regulation of smooth muscle cell migration / Dissolution of Fibrin Clot / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / extrinsic component of membrane / extracellular matrix structural constituent / positive regulation of smooth muscle cell migration / scavenger receptor activity / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of DNA binding / plasminogen activation / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of wound healing / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / endodermal cell differentiation / polysaccharide binding / oligodendrocyte differentiation / tertiary granule membrane / basement membrane / regulation of proteolysis / negative regulation of blood coagulation / protein polymerization / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / collagen binding / negative regulation of proteolysis / extracellular matrix organization / liver regeneration / Regulation of Complement cascade / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / chemotaxis / blood coagulation / cell migration / signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell population proliferation / : / blood microparticle / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain ...: / CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Somatomedin B domain, chordata / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Snake toxin-like superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Urokinase-type plasminogen activator / Vitronectin / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Huang, M.D. / Xu, X. / Yuan, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Identification of a New Epitope in uPAR as a Target for the Cancer Therapeutic Monoclonal Antibody ATN-658, a Structural Homolog of the uPAR Binding Integrin CD11b ( alpha M)
著者: Xu, X. / Cai, Y. / Wei, Y. / Donate, F. / Juarez, J. / Parry, G. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Ahn, R.W. / Ugolkov, A. / Dubrovskyi, O. / O'halloran, T.V. / Huang, M. / Mazar, A.P.
履歴
登録2013年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Data collection
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_biol / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Vitronectin
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
L: anti-uPAR antibody, light chain
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4239
ポリマ－100,1735
非ポリマー1,2504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area41430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)164.659, 164.659, 391.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AU

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 15359.318 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pMT/Bip
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#5: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / U-PAR / uPAR / Monocyte activation antigen Mo3


分子量: 31601.479 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MO3, PLAUR, UPAR / プラスミド: pMT/Bip
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: Q03405

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質・ペプチド Vitronectin / VN / S-protein / Serum-spreading factor / V75 / Vitronectin V65 subunit / Vitronectin V10 subunit / ...VN / S-protein / Serum-spreading factor / V75 / Vitronectin V65 subunit / Vitronectin V10 subunit / Somatomedin-B


分子量: 4573.103 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04004

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 anti-uPAR antibody, heavy chain


分子量: 24482.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 anti-uPAR antibody, light chain


分子量: 24156.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 3種, 4分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR ENTITY 3 AND 4 DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→27 Å / Num. obs: 12451 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
4.5-4.664.50.8411100
4.66-4.854.60.6281100
4.85-5.064.50.4891100
5.06-5.334.50.4441100
5.33-5.664.50.414199.9
5.66-6.094.50.301199.8
6.09-6.74.50.233199.9
6.7-7.654.40.151199.7
7.65-9.564.10.081199.1
9.56-273.70.053198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BT2(chain A, B, U), 4K23(chain H, L)

3bt2

4k23


解像度: 4.5→26.902 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 602 4.84 %
Rwork0.2174 --
obs0.22 12432 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 284.9089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.44 Å20 Å2-0 Å2
2--13.44 Å2-0 Å2
3----26.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→26.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6690 0 81 0 6771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0179371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4142544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1321034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5-4.93430.27921580.25352880X-RAY DIFFRACTION99
4.9343-5.64250.29911550.24052940X-RAY DIFFRACTION100
5.6425-7.08740.27621390.22462971X-RAY DIFFRACTION100
7.0874-26.90290.26661500.23039X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.36270.97411.6251-0.6562.99483.6246-0.0501-0.5488-0.6942-0.68070.0290.11280.7341-0.61330.3412.1128-0.33010.08291.97230.01542.425830.669729.690552.7353
27.1548-1.24-8.11710.46581.35749.2023-2.6771-3.16271.35680.48390.6504-0.06120.63220.1252.22042.3569-0.0374-0.31733.44220.10992.453516.811325.70882.174
31.8017-1.69050.07820.0348-1.59744.8272-0.1036-0.03060.4133-0.23360.7136-0.137-0.5576-0.3305-0.60511.7406-0.18270.1032.083-0.20582.3148-2.26629.346154.0831
4-1.0037-1.16630.346-0.00410.33749.93940.72671.35860.7132-0.4628-0.5035-0.66770.5711-0.19930.20342.4315-0.22130.19443.42160.28332.4659-41.911913.135316.8476
51.169-0.88384.41721.5560.36482.7252-1.38381.31980.6265-1.244-0.18140.9262-2.07661.0930.2173.0456-0.2477-0.22113.62720.09052.6696-46.010629.53629.3293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'U'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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