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- PDB-3qnx: Orthorhombic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qnx | ||||||
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Title | Orthorhombic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trajtenberg, F. / Correa, A. / Buschiazzo, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation Authors: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 183 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 144.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3m8oSC ![]() 3qnyC ![]() 3qnzC ![]() 3qo1C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24009.725 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: serum / Source: (natural) ![]() | ||
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#2: Antibody | Mass: 23506.275 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: serum / Source: (natural) ![]() | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.33 % / Mosaicity: 0.58 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.8 Details: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M PO4/citrate, pH 3.8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 18, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Varimax-HF multilayer mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→47.925 Å / Num. all: 26858 / Num. obs: 26858 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3M8O Resolution: 2.2→18.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9348 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9102 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: TLS refinement was performed
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Displacement parameters | Biso max: 121.1 Å2 / Biso mean: 33.7879 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.257 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→18.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.29 Å / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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