PDB-3qg7: Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Q...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qg7

タイトル

Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum Quenching Antibody

要素

AP4-24H11 Antibody Heavy Chain
AP4-24H11 Antibody Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Fold / Antigen Recognition / AIP4 / Secreted

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Kirchdoerfer, R.K. / Kaufmann, G.F. / Janda, J.D. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum-quenching Antibody.
著者: Kirchdoerfer, R.N. / Garner, A.L. / Flack, C.E. / Mee, J.M. / Horswill, A.R. / Janda, K.D. / Kaufmann, G.F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2011年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qg7.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qg7.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qg6C 15c8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o5z-d 5b6f-1 6kx0-d 1uwe-1 4dvb-1 4ouu-1 1f11-1 4r7n-7 6pds-1 4yny-1 3qnx-d 2gfb-2 5ds8-1 1rzi-5 1ejo-d 5cp7-3 1uwe-3 2v7h-1 6x1u-2 1rur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: AP4-24H11 Antibody Heavy Chain

L: AP4-24H11 Antibody Light Chain

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.182, 183.182, 42.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: 抗体	AP4-24H11 Antibody Heavy Chain 分子量: 23047.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	AP4-24H11 Antibody Light Chain 分子量: 23894.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 % PEG 4000, 0.2 M di-ammonium hydrogen phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MAR 300 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→91.67 Å / Num. all: 13033 / Num. obs: 13033 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.78→2.854 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 840 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 15C8

15c8

解像度: 2.78→91.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 27.611 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24028	644	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19464	-	-	-
obs	0.19685	13033	97.21 %	-
all	-	13033	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.305 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0.21 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→91.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3272	0	28	51	3351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	1.953	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.408	3.003	5554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.508	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.858	24.046	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.284	15	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.022	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.338	1.5	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.033	1.5	852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.634	2	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.663	3	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.186	4.5	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.782→2.854 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	48	-
R_work	0.292	792	-
obs	-	-	83.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5256	0.1682	-0.7385	0.8256	-0.9125	1.7457	0.0287	-0.0253	-0.0225	-0.0572	0.1167	-0.0447	-0.0726	-0.1547	-0.1454	-0.0444	0.0241	0.0004	0.0376	0.0018	0.0157	16.0552	53.4339	9.6372
2	3.3738	1.5377	1.9182	2.3728	0.9384	1.0931	-0.0519	0.1397	-0.5754	0.0183	0.187	-0.1845	-0.054	0.2004	-0.1351	-0.1379	-0.1471	0.0084	0.122	0.0086	0.0506	-1.2218	26.2472	12.2692
3	1.8695	0.4086	0.6843	1.2249	1.0011	1.1042	-0.0409	0.121	0.102	-0.0397	0.0166	0.0648	-0.0891	-0.181	0.0243	-0.0741	0.0735	0.0244	0.1391	0.0493	-0.0438	-2.2297	60.0152	-1.8044
4	0.8986	0.5648	-0.1018	2.4225	-1.804	2.2084	0.1189	-0.076	-0.1255	0.129	-0.2164	-0.0907	-0.1654	-0.1968	0.0975	-0.154	-0.226	-0.0132	0.1822	0.0665	-0.0279	-16.0281	31.3697	17.1968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	115 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	108 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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