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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qg7 | ||||||
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タイトル | Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum Quenching Antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin Fold / Antigen Recognition (抗原提示) / AIP4 / Secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Kirchdoerfer, R.K. / Kaufmann, G.F. / Janda, J.D. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum-quenching Antibody. 著者: Kirchdoerfer, R.N. / Garner, A.L. / Flack, C.E. / Mee, J.M. / Horswill, A.R. / Janda, K.D. / Kaufmann, G.F. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qg7.cif.gz | 177.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qg7.ent.gz | 140.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qg7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qg7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23047.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23894.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 % PEG 4000, 0.2 M di-ammonium hydrogen phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MAR 300 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→91.67 Å / Num. all: 13033 / Num. obs: 13033 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.854 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 840 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 15C8 解像度: 2.78→91.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 27.611 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.78→91.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.782→2.854 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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